プログラミングのアイデアがある方へ 応募してみるべし。2007-04-22 Sun 21:58
独立行政法人 情報処理推進機構
http://www.ipa.go.jp/software/index.html を、ご存知ですか？ ＰＣソフトウェアの開発に、資金を出してくれます。 応募してみては どうでしょ？ 現在は、 2007年4月2日 未踏ソフトウェア創造事業（ユース） 第�挟�公募を開始しました。 だそうです。 僕の場合、 新薬開発ソフトを 既存無料ソフトを統合することで実現したいと思ってました。 多人数で、ゲーム感覚でマニアックにやれるような新薬開発ソフトができればいいなあ と思ってました。 ただ、僕は プログラミングができません。 しかも そういう無料ソフト（アカデミック版で無料）があります。 ただし、ゲーム的な演出はないです。 分かりやすい日本語マニュアルも ないと思います。 過去の採択例↓ 2005年度上期未踏ソフトウェア創造事業 公募結果 http://www.ipa.go.jp/jinzai/esp/2005mito1/koubokekka.html 千田先生も 採用されております。  |
論文を On line で投稿する際のシステムを参考に2006-11-03 Fri 23:40
私は、無料の新薬開発ソフト を世に出そうと 企画しています。
カテゴリ プログラマーのみなさんへ の過去記事 新薬開発ソフト：データアップロードのシステムを作りたいです で書いたことです。要点を 書きますと、 とりあえず 今からでも やれそうなこととして、 みなさんが設計した薬を、私の大学にある計算ソフトで 計算すればいい と考えました。 そのためには、皆さんが設計した薬データを 効率良く 受け渡し する必要があります。 そのシステムが作りたいです。 ホームページ上で、データをアップロードする形式にしたいです。 ユーザー登録したプレーヤーが、パスワードでlog inして、アップロードする。 こういうシステムは、論文をWebで投稿する際にも、用いられています。 投稿した研究者、編集者、レフェリー が pass word を入力して log-in して作業を進める方式です。 というわけで、このシステムの作り方をサイトを調べてみました。 ですが、いいサイトが見つかりません。 みなさん どうか 作り方について ご助言をくださいませ。 お願い致します。 いざとなったら、業者に相談します。 もう 起業だ 儲けだ なんて 関係なくなってきました！ とりあえず やります！ まずシステム作りです！ 粘ります！ やります！ うぉーーー。。  人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪  |
プログラム TINKER の開発者さんに メールでなくて、手紙を出します2006-10-20 Fri 02:24
無料の新薬開発ソフト を世に出すには、無料の計算ソフト TINKER とコラボレートするのが良い と考えています。
私が考えていること全てを 包み隠さず表現して 手書きの手紙として送ろうと思います。 メールの短文では、熱意が伝わりません。 英語の文章に苦労しますが、必ずやります。 このBLOGで宣言して、自分を追い込みます。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
新薬開発ソフト：データアップロードのシステムを作りたいです2006-10-14 Sat 12:35
昨日まで、論文を書いてました。現在、指導教官に 見てもらっています。
ところで、新薬開発ソフトについて ほとんど なにも 進展していません。申し訳ないです。 もちろん 頭の片隅に いつも置いてあります。 設計した薬の薬理効果をシミュレートするための 化学計算 以外は、すぐにできます。 みなさんが設計した薬を、私の大学にある計算ソフトで 計算すればいいです。 そのためには、皆さんが設計した薬データを 効率良く 受け渡し する必要があります。 ホームページ上で、データをアップロードする形式にしたいです。 ユーザー登録したプレーヤーが、パスワードでlog inして、アップロードする。 どういうやって そういうシステムを作るのでしょうか？ 調べてみます。 みなさん アドバイスください♪ 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
無料ソフト Facio の 機能が充実します2006-10-02 Mon 14:31
私は、無料の新薬開発支援ソフトを世に出そうと 努力しています。
末永先生が ご開発なっている 無料ソフト Facio をベースにして新薬開発支援ソフトができたら、満足です。 数々の難題が浮き彫りになってきました。 しかし、焦らずじっくり対応して解決したいです。 先生が、Facioの機能を追加をしてくださいました。 私は、お忙しい末永先生に 膨大数な要望を一気に伝えてしまいました。自分のことばかりで、大変申し訳ありませんでした。 そして、お仕事の合間を見つけて あっという間に プログラミングをしてしまう末永先生は、本当に凄いと思いました。 真に ありがとうございます。 これからは、自分でもプログラミングの勉強をします。 今後とも ご指導・ご教示のほど どうかよろしくお願い致します。 |
薬剤ターゲット（タンパク質）の加工2006-09-25 Mon 22:53
私は 無料の新薬開発ソフト を世に出そうと努力しています。
薬剤ターゲットは タンパク質分子 です。例えば、コレラ菌の毒素などです。 薬剤ターゲットは、 カテゴリ 薬剤ターゲットの紹介 に、今後も追加していきます。 薬剤ターゲットであるタンパク質は、リンクにもある タンパク質結晶構造データベース（PDBと略す） で、私が探します。 しかし、PDBから得たデータには、水素原子が付加されていません。 なので、水素原子を自動付加するプログラム が必要です。 Reduce という 水素原子自動付加プログラムが公開されています。 http://kinemage.biochem.duke.edu/software/reduce.php 参考にすると思います。勉強します。 DS Visualizer では、クリック１つで 自動に水素原子の付加ができます。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
新薬開発ソフトに 『 分子の重ね合わせ機能 』 は必須2006-09-25 Mon 20:36
無料の新薬開発ソフト にとって、分子重ね合わせ機能 は、とても重要です。
プレーヤーは、薬剤を設計した後に その薬剤を、薬剤ターゲットであるタンパク質の鍵穴に はめ込みます。 もともとは、薬剤ターゲットタンパク質には、基質が はまっていました。基質があった場所に、設計した薬剤化合物を置くわけです。 方法ですが、まず、基質の上に薬剤分子を重ね合わせる。次に、基質を削除する。 末永先生の 無料ソフト Facio には、「分子重ね合わせ機能」が、すでに実装されています。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
『無料の新薬開発ソフト』の実現に向けて 非常に大きな進展2006-09-24 Sun 19:35
私が企画する 無料新薬開発ソフト の実現に向けて 非常に大きな進展がありましたので お知らせします。
無料の化学計算インターフェイス Facio の開発者でいらっしゃる 末永正彦 先生 （九州大学理学研究院 化学部門） が、無料新薬開発ソフトの開発に 協力してくださいます。 本当に本当にありがとうございます。 また、私のBlogで 先生のご紹介文を掲載することも 快諾してくださいました。重ねて御礼を申し上げます。 Facioは、私の企画に必要な 化学計算ソフト TINKER にやさしいインターフェイスです。なので、思い切って末永先生にアプローチしました。 一学生にすぎない私の話を 真摯に聞いてくださいまして、真にありがとうございます。 自分の思いが伝えられて ほっとしています。 末永先生は、化学計算・分子のグラフィック・プログラミング のどれもに精通していらっしゃる先生です。 私にとって 救世主的な先生です。 特にプログラミングの作業は、非常に重要な上に骨が折れる作業です。 私は、プログラミングの素人です。申し訳ありません。 なんとか このプログラミング分野で 協力してくださる方を これからも探そうと思います。 TINKERの開発者 Prof. Robert Paine, Chemistry Dept., Univ. of New Mexico には、連絡を取ります。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
TINKERとFasioというプログラム2006-09-21 Thu 23:32
無料の新薬開発ゲームを世に出したいです。
既存の高価ソフトの著作権を侵害してはいけません （当たり前ですね；） 一から全てのプログラムを新たに書こうとは、微塵も思っていません。僕には不可能です。 そこで、無料でプログラムを公開している研究者の みなさんに 協力を仰ぎます。 同じ無料同士で 連携したいです。もちろん共同開発者として、お名前も連ねられたらベストだと思います。 設計した薬の薬理効果は、化学計算（分子力学計算）で判断します。 その無料ソフト TINKER が、公開されています。 協力を打診します。 また、Facio という無料ソフトがあります。TINKERに対応できるインターフェイスです。こちらは、日本の先生が開発されています。 協力を仰ごうと思います。 薬剤ターゲットと薬の複合体を化学計算する際に、原子１つ１つに「原子タイプ」を正確に割り振る必要があります。そこが１つ目の壁になりそうです。 市販ソフトなら、クリック１つで自動設定してくれます。 まずは この問題をクリアします。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
科学教育界にも一石を投じたい。2006-09-10 Sun 20:47
私が企画する 個人向け無料 新薬開発ゲーム『ドラクエ』 は、以下の目標から実現化を目指しています。
１．医学・薬学界のgoogleになりたい。 ２．試薬や実験道具が買えなくても、金が無くてもサイエンスがやれる環境を作りたい（自分も金がないし。） ３．アマチュアサイエンテストの趣味として『新薬設計』があったらかっこいい。 ４．無料の最先端科学の道具があれば サイエンス好きな中高生は興味を持つ。→ 科学教育に貢献できる とりあえず どんな分野でも最先端科学は、面白いです。 ワクワクします。難しい内容でも、噛み砕いてある解説 とか見ると すごく面白いです。へぇー スゴイ と誰でも思えます。 中高生は、自然体験学習は経験できても、最先端科学に触れる機会は ほぼ皆無です。 自然体験型学習には賛成しますが、最先端科学が少しわかった時の感覚とは一味違う気がします。 私は、その感覚こそ 理科教育に必要かな と思います。 最先端科学には、自然にやさしい科学も含まれます（当然ホットなトピックです） |
