DOCK というソフト2007-03-28 Wed 00:41
このカテゴリーの過去記事で AutoDock について紹介しました。
僕は、メール・FAXを送りましたが、返事が来ませんでした（冷汗） ところで、、 DOCK というソフトがあります。 アカデミック版で無料なはずです。 http://dock.compbio.ucsf.edu/Overview_of_DOCK/index.htm Accerlys社のソフト Discovery Studio は、無料じゃないので、その使い方を 本Blogで 語っていくよりも、 DOCK の使い方を語るべきだと思いました。 でも、僕は DOCKを使ったことがありません（泣ｗｗ） この機会に 有益な無料ソフトの使い方を学習したい！！ DOCK について書かれた日本語の本が 何冊か出版されています。 ですが、DOCK入門 っていう感じではないです。 書籍 生体系のコンピュータ・シミュレーション 岡崎進ら 編 化学同人 5200円 p217-222 他にも 大学生協 で 本を見かけたので、 立ち読みして 情報を仕入れますｗ  |
Autodockから返信が来ない2007-01-11 Thu 00:15
アカデミック版が無料の 新薬設計支援ソフト Autodock が Scripps研究所で開発されており、配布しています。
私は、agreementをFAXで送り、e-mailも送りました。 しかし、返信が来ません。 とても不可解です。 この件は しばらく放置します。 このBlogで書いてきた Discovery Studio、DS Visualizer を使った 新薬設計マニュアル のpdf版作成に力を注ぎます。  |
Discovery Studio 1.5 の豆知識2006-12-20 Wed 08:43
岐阜大学生命科学総合研究センターには、full versionの
Discovery Studio（Accelrys社） が入っています。 僕は それを使っています。cff力場による タンパク質ー基質複合体を分子力学計算しています。 いくつかの系を計算していますが、Mn2+を含んでいる系では、エラーが出ます。 Mn2+に対する力場パラメーターが登録されていないからです。 今後も Mn2+のcffパラメーターは 追加されないそうです。 |
AutoDock というフリーソフト（Scripps研究所）FAX送りました2006-12-15 Fri 20:59
遅くなりましたが、AutoDock というフリーソフト（Scripps研究所）を使うためのAgreementを 今日 FAXで 送りました。
使い方を勉強します。僕なりの使い方を このブログで公開したいと思います。 Agreementですが、大学院生が使う場合、指導教官のサインが要りますし、Authorized Official な人のサインも要ります。 Authorized Official は、例えば Examples of authorized officials are President, Vice President for Research, Vice Provost, Legal Counsel, Director of Technology Transfer, or some other designated officer authorized to legally bind your institution. だそうです。 |
Autodock というソフト -22006-11-29 Wed 18:54
Autodock というフリーソフトがscripps研究所から配布されています。
http://autodock.scripps.edu/obtaining 無料の新薬設計ソフトを開発しても 意味が無いかもです（冷汗）。 Autodockは、化学計算もやれそうです。 機能も充実しています。 ソフトの更新もされています。 僕のアイデアを 開発者に 話してみる価値があるかもしれません。 徹底的に Autodockのユーザーサポートして、得られた情報をユーザーと開発者が共有する。情報を 製薬会社等に落札してもらう。 というシステムの提案です。 （かなり 厳しいですが。。） とりあえず agreement をFAXで送ってAutodockをゲットしてみようと思います。 |
AutoDock というフリーソフト（Scripps研究所）2006-11-28 Tue 06:51
このBlogで展開してきた企画を 根本的に再考する必要が出てきました。
無料の新薬開発支援ソフト と言ってもよいソフトが すでに ありました。 スクリップス研究所が アカデミック版を無料公開しています。 Autodock です。 http://autodock.scripps.edu/obtaining 名前は聞いたことがあります。 でも無料だとは 思いませんでした。 末永先生から 存在を教わりました。 ありがとうございます。 タンパク質と低分子化合物のドッキングができます。 タンパク質ータンパク質の複合体も作れます。 化学計算もできそうです。 うーん（冷汗）。。 |
県立新潟女子短期大学 本間善夫先生 が この企画を応援してくださいます！2006-11-11 Sat 06:21
県立新潟女子短期大学 本間善夫 先生が 無料新薬開発ソフト の企画を 応援してくださいます！ 真にありがとうございます。 エイズ、ガン、薬、香り分子、などなど 生命科学全般について、その情報と、分子の3Dグラフィックが 満載です。 様々なアドバイスをくださいます。 よろしくお願い致します。 生活環境科学の部屋 http://www.ecosci.jp/  人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪  |
千田先生 ありがとうございます！ 未踏ソフトウェア創造事業：ダメもとで応募します！2006-11-09 Thu 21:00
2006年度下期 未踏ソフトウェア創造事業「未踏ユース」
http://www.ipa.go.jp/jinzai/esp/2006youth/youryou2.html に 無料の新薬設計ソフトを世に出す というネタで応募してみます。 ダメもとですが、応募します。決して投げやりではないです。 企画を もう一度 きちっと 紙に書いてみる。 企画の問題点を整理する。 自分の本当の目的を確認する。 という作業を 再度やる時期になったと思うので、いい機会です。 この募集のことは、 無料の化学計算ソフト Winmostar を 開発なさっています 千田範夫 先生 （出光興産株式会社 中央研究所） に、教えて頂きました。 Winmostar のサイトです↓ http://winmostar.com/ 本当にありがとうございます。 そして、無料の新薬設計ソフトの 共同開発者として、ご連名してくださることを、快諾してくださいました！ 重ねて 感謝致します。 千田先生は、日本を代表する 計算化学ソフト開発者の1人です。 僕の企画を応援してくださいます 末永先生 とも お知り合いです。 2004年には、千田先生の Winmostarプロジェクト が、未踏ソフトウェア創造事業 として採択されています。 そして、天才プログラマー／スーパークリエータ に 見事 認定されています。 とにかく すごい先生だということです。 詳しくは↓このサイトにあります。 2004年度第２回未踏ソフトウェア創造事業 http://www.ipa.go.jp/jinzai/esp/2004mito2/creator.html 末永先生と千田先生が ソフト開発に ご連名してくださったことに感激しています。 末永先生は 無料化学ソフト Facio を開発なさっています。 http://sauber.blog70.fc2.com/blog-entry-151.html 両先生は、ご見識・技術・経験を お持ちな上に、すごい人脈も 持っています。 僕に無いものを すべて持っていらっしゃる先生です。 s2k先生、本間先生にも ソフト開発に関する ご教授を頂きたく、正式に お願いしようと思います。 先生方、これからも 末永く 僕を指導してくださいませ。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
Life Science Forum で質問してみては？2006-11-09 Thu 12:00
私に 以下のメールが届きました。
Life Science Forum という 研究者の掲示板みたいなサイトです。 http://www.lifescienceforum.com みなさんも 疑問があったら 質問してみては いかがでしょう？ 私もするかもしれません。 Dear Colleague The Life Science Forum is an online discussion forum to serve the life science research community. It provides you the opportunity to exchange ideas, tips, information, and techniques. Join the Life Science Forum community to: Post your questions Get answers Offer help to others Discussions on General Lab Techniques, Molecular Biology, Cell Biology, Immunology, Microbiology, Protein & Proteomics, Microarray, siRNA/miRNA/RNAi, Genetics & Epigenetics, Neuroscience, Bioinformatics, Plant Biotechnology, and much more. Life Science Forum The Online Community for Life Science Research http://www.lifescienceforum.com 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
返信メールが来ない： 無料化学計算ソフト Tinker の開発者から2006-10-03 Tue 17:45
私は、無料の新薬開発ソフトを世に出そうと 努力しています。
薬剤設計には、化学計算 が必要不可欠です。 無料の化学計算ソフト に Tinker があります。協力して頂きたいです。 先週、Tinkerの開発者さんに、質問メールを送りましたが、返信が来ません。 カテゴリ 私が準備･提供するものは・・ の過去記事 Tinkerの開発者さんに問い合わせメール送信 を参照 やはり、私の企画・その動機 を、Tinkerの開発者さんに伝える必要がありそうです。 勉強不足で貧相な英語ですが、私の企画 を英語でまとめます。 以前から やろうと思っていましたが、ズルズル 引き伸ばしていました。 今日から やります。 Tinkerの重要性 を英語で書いた後、再度メールでアプローチします。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
