DS Visualizer 1.6 の使い方 -12: 最近話題のトリ型インフルエンザH5を詳しく見る その２2006-09-16 Sat 20:17
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DS Visualizer 1.6 の使い方 を説明しています。DS Visualizer は無料ソフトです。 ダウンロードの方法は、 カテゴリ ゲームマニュアルの記事 マニュアル 初級編 I-�◆〔瑤鮴賤僖愁侫箸妊哀薀侫�ック表示する で紹介していますので インストールしてみてください。 本カテゴリで前回までに、 最近話題の トリ型インフルエンザH5 をダウンロードして、Visualizerで表示させたところ、面白い 三角形構造 を作っていました（3量体）。 そして、三角形の部品のみ（単量体）を表示させました。 その部品は、A鎖とB鎖 から出来ていました。 今回は、A鎖とB鎖を 切り離して眺めてみます。下図を見てください。  A鎖とB鎖が分離されました。  人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪   |
DS Visualizer 1.6 の使い方 -11: 最近話題のトリ型インフルエンザH5を詳しく見る2006-09-15 Fri 22:48
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DS Visualizer 1.6 の使い方 を説明しています。DS Visualizer は無料ソフトです。 カテゴリ ゲームマニュアルの記事 マニュアル 初級編 I-�◆〔瑤鮴賤僖愁侫箸妊哀薀侫�ック表示する で、ダウンロードの方法を紹介しています。 私が世に出そうとしている 無料の新薬開発ソフトは、DS Visualizer 1.6を参考にしますので、 この機会に使い方を是非覚えてください。 前回までに、最近話題のトリ型インフルエンザH5 をダウンロードして、Visualizerで表示させました。 Visualizerを使う練習も兼ねて、トリインフルエンザH5の構造を詳しく見てみましょう。 図で説明します。左から右へ見てください。     三角形状になっていた（trimer: 3量体という）トリインフルエンザH5ですが、その部品のみ（monomer: 単量体という）を表示させました。 単量体は、A鎖とB鎖から成っています。 次の記事で、A鎖とB鎖を分けてみます。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
DS Visualizer 1.6 の使い方 -10: トリ型インフルエンザH5の表示（色の変更）2006-09-08 Fri 18:51
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前回までに トリ型インフルエンザH5 の三次元構造 を表示させるところまできました。 ここまで できれば、薬剤ターゲットのダウンロード → 表示 という流れをマスターしたことになります。 インフルエンザH5 を表示させた当初は、Line（棒モデル） の図でした（下図：左）。これがソフトの初期設定だからです。 それを、Solid ribbon（リボンモデル） に変更してみましょう（下図：中央）。   現在の色設定ですが、細かく分かれすぎていて見辛いです。設定を変更して、インフルエンザH5 の構造を見やすくしましょう。図を左から右へ見てください。図はサムネイルになっています。     これで 薬剤ターゲットのデータ取得方法と表示について も説明は一段落しました。 |
DS Visualizer 1.6 の使い方 -9: トリ型インフルエンザH5を表示する2006-09-05 Tue 18:32
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前回の記事までに、みなさんは、 タンパク質DB （リンク参照）から、 トリ型インフルエンザH5（PDB ID: 2FK0） をダウンロードしました。 そして、無料解凍ソフト Lhaplus で、ダウンロードしたファイル：2FK0[1].pdb.gz を解凍しました。 いよいよ、DS Visualizer 1.6 で、2FK0の構造を見ます。最近話題になっている あの トリ型インフルエンザH5 です。 トリからヒトに感染したことが確認されています。ヒトからヒトは、今のところ感染しないようです。毒性は かなり強いでです。 ファイルを解凍しますと、2FK0[1].pdb という新しくフォルダができ、その中に、2FK0[1].pdb というファイルがあります。 DS Visualizer を起動させて、File → Open → 2FK0[1].pdb を選択すると、2FK0の三次元構造が見れます。 しかし、ファイルが あまりにも大きいために、開くだけで30秒位かかってしまいます。 動作も非常に遅いです。これでは、まともな作業が出来ません ファイルが大きい原因は、1つ示せばいい構造データなのに、同じデータを３つも収容しているからです。それはそれで 重要な点もあります。が、今は 不必要です。 下の図が、重すぎるファイルを表示させたものです。  私自身で、とりあえず不要なデータを削除して、動作をしやすくしました。下が、その図です。 お手数ですが、私にメールをくだされば、変更したファイルをお送りします。左のメールフォーム から、お願いします。 |
DS Visualizer 1.6 の使い方 -8: ダウンロードした構造ファイルの取り扱い2006-09-05 Tue 16:40
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前の記事で、みなさんは、タンパク質データバンク（PDB: リンク参照） から、 トリ インフルエンザ H5の構造 をダウンロードし（圧縮ファイル）、Lhaplus で解凍しました。 このデータの取り扱い方について、注意事項があります。 研究者は、このようなデータを得るために、死に物狂いで研究しています。そして、論文にまとめて報告します。 そのデータを使う時は、論文名、著者名を忘れないように、別紙に控えておきましょう。公式に発表する時は、その論文を引用する必要があります。 具体的には、掲載雑誌、論文題目 等が書かれているページをコピーして、Wordに貼り付けて、保存しておいてください。 論文題目等が書かれているページへは、簡単にいけます。 図で説明します。    |
DS Visualizer 1.6 の使い方 -7: タンパク質構造データベースからインフルエンザをダウンロードする2006-09-04 Mon 13:32
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みなさんは今、DS Visualiserを使って、薬剤開発ターゲットである インフルエンザHA の三次元構造をグラフィック表示させようとしています。 今から、インフルエンザHAの構造データを、タンパク質構造データベースからダウンロードします。 ダウンロードするファイルは、圧縮されていますので、解凍ソフトが必要です。前の記事で、無料解凍ソフト Lhaplus を得ています。 さっそく、本BLOGのリンクにある 薬剤ターゲット（タンパク質）を見つけるサイト： タンパク質結晶構造DB をクリックして、サイトへ移動してください。このサイトのことを、PDBと今後呼びます。Protein Data Bank の略です。 検索・ダウンロードの仕方を図で説明します。図は、左から右に見てください。     インフルエンザH5の圧縮データファイル が ダウンロードできましたか？ できましたら、そのファイルを デスクストップにあるアイコン Lhaplus の上にドラッグして重ねてください。 自動的にファイルが解凍されます。 無料解凍ソフト Lhaplus については、本カテゴリの過去記事 DS Visualizer 1.6 の使い方 -6: タンパク質の圧縮データを解凍する を見てください。 |
DS Visualizer 1.6 の使い方 -6: タンパク質の圧縮データを解凍する2006-08-17 Thu 10:12
カテゴリ マニュアル初級編
の記事中で、無料の分子表示ソフト DS Visualiser をダウンロードしました。 DS Visualizer は、私が無料新薬開発ゲームを作成する際に参考にする 業界ソフト Discovery Studio と酷似しています。 この機会に、使い方を 是非マスターしてください。 本カテゴリでは、 DS Visualiser の使い方 を説明しています。記事は、古い順に是非読み進めてください。 みなさんは、薬剤開発ターゲットである インフルエンザHAというタンパク質を、DS Visualiser で3次元グラフィック表示させようとしています。 そのタンパク質データがゲットできるサイトは、ブログ右上のリンクにあります。 → タンパク質結晶構造DB そのタンパク質データは圧縮されているので、解凍ソフトが必要です。 本記事では、無料解凍ソフト Lhaplus のダウンロード について説明します。 まず、ソフト紹介サイト 窓の杜 にいきます。 http://www.forest.impress.co.jp/lib/arc/archive/archiver/lhaplus.html 図で説明します。左から右へ見てください    Lhaplus をインストールできましたか？ インストールする際、解凍するファイルの拡張子（ファイル名の後に続く文字：○○.txt だったら、拡張子は txt）を選ぶ画面がありましたら、とりあえず 全部の拡張子にチェックを入れてください。 PCのデスクトップに、Lhaplus のアイコンを置いておくと、便利です。 解凍したいファイルを マウスでドラッグして、Lhaplus アイコンの上に重ねるだけで 解凍してくれます。 |
DS Visualizer 1.6 の使い方 -5: タンパク質（毒素やウィルスなど）のモデル表示2006-08-17 Thu 09:59
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 これらのアイコンで、毒素やウィルスなどのタンパク質をモデル表示させます。 具体的に、インフルエンザHAタンパク質で示します。 そのために、インフルエンザHAのデータを 薬剤ターゲット（タンパク質）を見つけるサイト： タンパク質結晶構造DB で検索して、ダウンロードします。 右上の リンク にあります。 ダウンロードするデータは、ZIP形式で圧縮されていますので、解凍ソフトが必要です。 解凍ソフトは、無料で得ることができます。 次の記事では、まず 解凍ソフト Lhaplus のダウンロード について説明します。 |
DS Visualizer 1.6 の使い方 -4: とりあえずは使わないアイコン2006-08-13 Sun 11:48
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説明していないアイコンが、まだ多数あります。 でも、全部が重要というわけではないです。 ここでは、とりあえずは使わないアイコン を挙げてます。   これらのアイコンは、かなり後から使うことになります。 その時に説明します。 一番下段のアイコンは、 プレーヤーが設計した薬を、薬剤ターゲットに はめ込む 時に使うアイコンです。 |
ＤＳ Ｖｉｓｕａｌｉｚｅｒ 1.6 の使い方 -3： 分子の表示モデル2006-08-12 Sat 10:27
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表示した分子のモデル図 を変更してみましょう。 以下のアイコンを説明します。  下図で、それぞれのモデル図を示します。      モデル図は、違うパターンを組み合わせることもできます。 |
