薬剤開発ソフト「ドラクエ」に、最初に入れたい薬剤ターゲットたち。製薬会社さんやバイオベンチャーさんと提携したいです。2006-06-28 Wed 18:46
ここのカテゴリでは、
個人向け無料新薬開発ゲームに最初に入れておきたい薬剤ターゲットたち を箇条書きにします。 薬剤ターゲット（動物への薬、農薬も含む） ヒト型・トリ型インフルエンザ（HA阻害剤、NA阻害剤） ベロ毒素 コレラ毒素 ボツリヌス毒素 HIV(ヒト免疫不全ウィルス; gp120,protease,integrase, reverse transcriptase) がん（現在調査中） 今後、さらに追加します。病気の発症機構 等を調べて、公開します。 製薬会社さんやバイオベンチャーさんと提携して、薬のターゲットを日々追加できるシステムにしたいです。 薬剤ターゲットの掲載料金 を払うことで、プレーヤーへの告知ができます。 大学の研究室でも告知できます。 ゲームサポートの運営では、スポンサーを募りたいです。 子どもの理科離れ という点から、文部科学省にアプローチします。 本ゲームを使いこなすことは、技術者として有能なのですから、企業からのスポンサーもあると考えます。 とにかく、まず無料新薬開発ゲームが、実際に開発されないといけません。 また、ゲームに慣れてきますと、プレーヤー自分自身で新たな薬剤ターゲットを探索したくなります。 探索のための無料データベースがネットで公開されていますから、ゲーマー自身でも行えます。  |
新薬開発ソフト「ドラクエ」のゲームマニュアルを公開します2006-06-28 Wed 02:42
ベロ毒素に対する薬剤の設計で登場した
薬剤開発ターゲット[I] / BユニットのGb3への結合を阻害する物質を設計しよう で、ドラクエのマニュアルを公開します。 薬剤開発の復習をしますと、 ベロ毒素が持っているBユニットの働きで、毒素が標的細胞表面のGb3という物質に結合し、その後 細胞内に侵入する。 ということがわかっています。なので、 BユニットのGb3への結合を邪魔する（阻害する）新化合物を設計する ことがプレーヤーの目的です。具体的に言えば、 「Gb3に似せた化合物」を設計する ことです。できる限り、 単純な形状として「似せる」 必要があります。Bユニットが、間違えて結合する程度に似せます。 従って、基本であるGb3構造の * どの部分構造をキープさせるのか？どの部分構造を単純化するか？ （何度も出てくる文章なので*とします） をプレーヤーの判断で決めます（今は私がプレーヤーです）。 それを決まるためには、以下の情報が必要です。これらのデータは、プレーヤーに提供されます。自身で調べる必要はありません。 I-a; BユニットとGb3が結合した時の全体構造（B-Gb3複合体） I-b; Gb3のみでの構造 I-c; すでに知られているGb3に似ている化合物（既知薬剤・特許化合物 を含む） プレーヤーである私は*を考えるために、I-aを見ようと思いました。  左上図��.ベロ毒素の5つのBユニットが五角形を形成しています（リボンモデルで示した）。 Bユニット1つに、1つのGb3が、はまり込んでいます（モコモコしているのがGb3で、CPKモデルといいます）。 右下図��.1つのGb3に注目して、その周辺を拡大した図です。 �△任�Gb3と、Gb3と接触しているBユニットの一部分を 棒モデル に変更しました。 （以後 「接触していること」 を 「相互作用している」 と表記します） 点線で描いたところで、BユニットとGb3が相互作用しています。すなわち、 Bユニットは、Gb3の部分構造のみと相互作用している ことが読み取れます。私はこの図をもとにして、Gb3の*を決めます。 下の図は、I-b；Gb3のみの構造(図A)と、私が考えた「Gb3に似せた化合物；pseudo-Gb3」(図B)です。  紫・青・黄の丸で囲んだところで、 お互いが似ています。 この三ヶ所を似せた理由は、 先程の図「I-a; BユニットとGb3が結合した構造」において、 その三ヶ所がBユニットと相互作用していた場所 だからです。 一見すると両者が似てないように思えるので、２つを重ねて比較します。  各○の部分で、両者が良く似ています。 ゲーム画面中の絵は3Dです。なので、プレーヤーは、絵を自由に回転させて構造をチェックすることができます。今回は どうやってpseudo-Gb3を思い付いたのか？似せる化合物を設計する手順は？ について、何も語っていません。プレーヤーにとっては、その部分が楽しいわけです。 色々な似せ方 があるし、プレーヤーの個性が出るところです。 ゲームの実現化にメドがつけば、攻略法すなわち、必要な化学知識、似せる手順などを公開します。 Gb3とpseudo-Gb3を重ねた図からGb3を除いたものが、下の図です。  ここでは、プレーヤーが考案したpseudo-Gb3が、 本当に化学的にGb3に似ているのか？pseudo-Gb3はBユニットに ちゃんと はまり込むのか？ について調べます。 上の図をゲーム画面でみますと、赤○ (Bユニットの一部) と 紫○ (pseudo-Gb3の一部)が、 ぶつかりそう です。 もし衝突すれば、pseudo-Gb3はBユニットに はまり込まない でしょう。 それを確かめる必要があります。その確認作業は、 薬理効果の評価 と言い換えることができます。 具体的に言えば、プレーヤーは、 「pseudo-Gb3とBユニットの複合体について構造最適化」 →「両者間の結合エネルギー算出」 という化学計算 をゲーム中で行って、 pseudo-Gb3は、Bユニトに はまり込むのか？ はまり込む場合、 Gb3より強くはまり込むか？ を評価します。良くない結果であれば、自分で考案したpseudo-Gb3の形を変更して、再び化学計算を行って確かめます。 「構造最適化」→「結合エネルギーの算出」という化学計算の流れは、あくまで一例です。 異なる化学計算で pseudo-Gb3を評価しても構いません。 もちろん全ての作業がドラクエでやれます。 プレーヤーは、考察と計算を繰り返して「Gb3より強くBユニットに はまり込む化合物」を設計できれば、そのテーマをクリアしたことになります。 化学計算による薬理効果の評価 については、今後 詳細を公開します。  |
では実際に新薬開発ゲームソフトで「ベロ毒素（大腸菌O-157などが出す毒素）に対する薬剤設計」をしましょう2006-06-19 Mon 21:14
��プレーヤーは、ゲームの電源を入れた後、「ゲームスタート」を選択して（まだセーブデータがないので）、「薬のターゲット」を選択する。すると、
a;ベロ毒素 b;インフルエンザ c;コレラ毒素 ・・など があるので、薬剤開発したいターゲットを選択する。 今回は a;ベロ毒素 を選択した。 ��ベロ毒素についての説明があるので読み進める。 I. ベロ毒素は、Aユニット1つ、Bユニット5つから成る。Bユニットが、標的細胞表面のGb3という物質に結合して、細胞接着・侵入する。 ↑ 薬剤開発ターゲット[I]/BユニットのGb3への結合を邪魔する（阻害する）物質を設計しよう。 II. ベロ毒素が細胞内に侵入した後、Aユニットが 細胞内にある「リボソーム」という器官に入り込む。リボソームは、細胞の生存に必要なタンパク質を作る器官（下の図�，鮖仮函法�図�，鰺�解できなくでも、全く問題ないので、次のIIIを読んでください♪ III. Aユニットは、リボソームの一部分を破壊するので、リボソームはタンパク質を作ることができなくなる。その結果、細胞が死ぬ。下の図�△鮓�る。Aユニット（図��中では★がAユニットに相当）は、リボソームの「アデノシン」を切断破壊する。← 薬剤開発ターゲット[III]/Aユニットが行う悪さ「アデノシンの切断破壊」を阻害する物質の設計をしよう。  図 �．螢椒宗璽爐�細胞生存に必要なタンパク質を作る �▲戰軻覗任虜醉儺々宗淵侫蝓蕊寛併�典 ウィキペディア よりコピー） ��プレーヤーは『薬剤開発ターゲット[I]/BユニットのGb3への結合を阻害する物質を設計しよう』を選択した。すると、以下のデータファイルが出現する。 I-a;ベロ毒素BユニットとGb3が結合している構造（B-Gb3複合体と表す） I-b;Gb3のみの構造 I-c;すでに知られているGb3に似ている物質（既知の薬剤や特許を含む） ここからは、プレーヤー自身がゲームマニュアルを見ながら、すべて自分の判断で試行錯誤してゲームを進めることになります。 私はゲームマニュアルを公開して、プレーヤーの疑問に対応します。 具体的な答えは、私にもわかりません。実際にやってみないとわからないです。 私は、「○○してみたらどうか？」「○○のデータが足りないよ。データの取り方は××だよ」といったアドバイスをします。 無料の薬剤開発ゲーム『ドラクエ』は、薬剤設計の単なる道具だということです。 よってゲームマニュアルは、それなりに複雑で、奥深いです。 もう一度確認しますが、プレーヤーの目的は、 自分自身で新薬設計を行って具体的な新薬候補である化合物を示すこと。その根拠となる化学的データもいっしょに示すこと です。実際の薬理効果は、企業や公的な研究室に調べてもらえますが、それは新薬開発ゲームが実際に開発販売されてゲームが売れたらの話です。 ところで、肝心のゲームマニュアルには、 1. 薬剤開発手順の例 2. 作業コマンドの内容と、行うことができる化学的な作業 3. 情報交換の場の提供 を入れたいと考えています。私は「ベロ毒素（大腸菌O-157などが出す毒素）に対する薬剤設計」を詳細に公開して、本ゲームのマニュアルにするつもりです。 |
新薬開発ゲームの やり方・遊び方は！？（インフルエンザ新薬開発を例に）2006-06-15 Thu 18:36
��インフルエンザウィルスは、ヒトに感染して悪さをします。インフルエンザ新薬を設計するためには、
ウィルスが、どのような方法でヒトに侵入して（ヒト細胞に入り込んで）、どんな悪さをするのか について学術論文やネットで調べる必要があります。 ↑プレーヤーは、当然やらなくていいです。私がゲーム攻略ホームページで公開説明する部分です。 実際に調べますと、 インフルエンザウィルスがヒト細胞に侵入・感染するには、ウィルスと細胞が接着するステップがあるはずで（ウィルスは、標的細胞に触れなければ、細胞に侵入できない）、実際にある。 と論文で報告されています。 ですから、 ウィルスの細胞接着を邪魔する物質（化合物）を人工的に作れば、それは薬になります。 プレーヤーは、邪魔する物質を工夫しながら設計することが目的です。 ��下の図は、ヒト細胞の表面にある化合物（糖鎖）とインフルエンザが結合している様子、 すなわち ウィルスと細胞が接着している様子 を示しています。 Accelrys社Discovery Studioで表示した画面のコピーです。私が企画する無料新薬開発ゲームでも 同じ感じの画面になります。  リボンモデルの部分がウィルスです棒モデルで表した分子が、ヒト細胞表面にある糖鎖です。 糖鎖の一部分を、「太い棒」 で表しました。その部分が、 ウィルスに 強く抱え込まれて います。 黄色の点線が、強く抱え込まれている部分です （黄色点線を描くために、ウィルスの一部分を棒モデルで表した）。 ��プレーヤーの目的は、 ウィルスに抱え込まれた糖鎖と形が似ている化合物を設計すること です。プレーヤーが設計した 「似せた化合物」 があれば、 ウィルスは 「似せた化合物」 を間違えて抱え込んでしまう でしょう。 これすなわち、 ウィルスが、細胞表面の糖鎖 に結合しようとした行為を、「似せた化合物」 が邪魔した といえます。「似せた化合物」 は、インフルエンザ新薬になる可能性があります。 ��プレーヤーは、 いかに 単純な形状として 「似せた化合物」 を設計するか？ を工夫します（意外に楽しいです♪）。 例え上手に 「似せた化合物」 が設計できても、 複雑すぎる形状 では、いけません。 製薬会社が作れない からです。 ただ自分なりの直感で 形状を似せた だけでは、本当の意味での 「似せた」 ではありません。 「確実に似ている化合物だ」 ということを、科学的データで示す 必要があります。 もし、 似せた化合物が、すでに他の薬として市販されていた らどうでしょう？ すごい発見かもしれません。それを調べるのもプレーヤーです。 視点を変えれば、 市販薬を手掛かりにして、それが他の病気に効かないだろうか？ を調べた方がいい場合があるかもです。 上記全てのことが、新薬開発ゲームソフト「ドラクエ」で出来ます。 ��ゲーマーのみなさんは、 このゲームは難しすぎる と思われたかもしれません。しかし、決して そんなことはありません。 もし、このゲームが開発されたのなら、私は非常に細かく、丁寧にサポートするつもりです。そして、みなさんには焦らず、じっくりゲームを楽しんで欲しいです。 今後もゲームの内容を公表します。 |
Ｑ 新薬開発ゲームって具体的に 何をどうするゲームなんですか？イメージできません。2006-06-15 Thu 01:17
A. 新薬開発の現場では、ＰＣによるシミュレーションで
�／渓瑤棒�りうる新化合物の設計を行う。そして、新薬の候補をいくつか示す。 �△垢任肪里蕕譴討い詭瑤� 違う病気の薬になるかも！？を調べる。 などをやっています。同じことを 個人的にやろう ということです。 インフルエンザウィルスに対する新薬開発の手順 を例として、具体的にゲームの流れを説明します♪ |
無料の新薬開発ソフト と ビジネスモデル2006-06-14 Wed 23:21
新薬開発ゲームを作る といっても プログラマーみなさんにとって 何をどうすればいいのか 想像がつかないと思います。
なので、私の案（仮）をまとめます。 第１段階→ プログラマーさんにお願いしたいこと すでに存在する業界用の新薬開発ソフトを 無料の個人向けWindowsソフトとして新たに作る。 参考にする業界ソフトは、 Accelrys社の創薬研究支援ソフト Discovery Studio がいいです。私は、Windows版を日々使っています。猛烈に高価なソフトです。 お手ごろに参考に出来るソフトは、同じくAccelrys社が 無料 で公開している グラフィックソフトの DS Visualizer です。 ダウンロードの仕方は、 カテゴリ ゲームマニュアル：新薬設計のやり方 初級編 の記事 マニュアル 初級編 I-�◆〔瑤鮴賤僖愁侫箸妊哀薀侫�ック表示する で紹介しています。 http://www.accelrys.com/jp/about/ ↑Accelrys社さんのページです。 23/09/2006現在で、九州大学の 末永正彦先生 に ご協力を頂いております。真にありがとうございます。 ビジネスモデル ネットから新薬開発ソフト（無料）をダウンロード・インストールして、遊ぶ。良い結果がでたら、それを私どもにアップロードする。 良い結果を、製薬会社などがネット入札で使用権を獲得する。 特許などを考えて、守秘義務をまもることを前提としたメンバー登録をユーザーに義務付ける。 無料でソフトを配布すれば、薬学や化学を学んでいる学生は全員ダウンロードすると思います。アマチュアサイエンチスト・高校生も関心を持つはずです。 目標 Googleみたいに、最初は全く収益が上がらなくてもいつかは世界制覇する。  人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪  |
プログラマーのみなさま に提案します！2006-06-13 Tue 20:11
私 澤田敏彦は、岐阜大学大学院連合農学研究科（博士課程）で研究をしています。具体的には、
業界専用のPCソフト（猛烈に高価なソフトです）を使って生体内反応を解析して、新薬開発の基礎情報を得る という研究を朝から晩までやっています。個人的には決して買うことができない この業界ソフト を今のうちに 死ぬほど使ってやる!と意気込んで研究しています。 そんな中、面白いことを思いつきました。 業界内で流行っている新薬開発に使えるPCソフト＊を個人向け無料Windowsソフトとして世に出す！そして、科学界のgoogleみたいになる！ 現在、このBLOGで、ゲームのマニュアル、薬剤設計の基礎知識について公開しています。今のうちに、是非、ゲームの流れを知ってくださいませ！！ ゲーム好きの子どもさんへ→ ストリーが全く読めない 現実世界にリンクした薬剤開発ゲーム をやってみたくないですか？ 世界の最新科学に触れみたくないですか!?（大の研究者が、必死になって仕事している分野です） このゲームは、子どもさんでも 十分やれます。慣れるまでに時間が掛かるかもしれませんが、それもまた楽しいです。 やり方は 私がレクチャーします。本当にできます。 中学・高校・大学に進学しても 遊べます（遊びの範囲を超えている 遊び とでも言いましょうか） 既存ゲームに飽きたゲーマーの皆さんへ→ ゲーム感覚で薬剤設計をしてみませんか？本当にできるんです。 新薬開発に終わりはありませんから、決して飽きません。薬のターゲットが膨大数あるからです。 上手くいけば知的所有権を得て製薬会社などに売れるかもしれません。ソフトの使い方や、新薬開発の手順は もちろんレクチャーします。 ゲーム好きの子どもさんをお持ちの親御さんへ→ 子どもさんに ドラゴンクエストを毎日何時間もやられるより(すみません。親御さんの感覚で言えばということでｗ)、最新科学がゲーム感覚で体感できる 新薬開発ソフトをやらせみたくないですか？ 子どもの頃から ゴルフや野球、音楽の英才教育は良くて、なぜ最先端科学・新薬開発がダメなのでしょうか？ ちゃんと 素人の子どもでもわかるようなゲームにします。だからといって、やれることの質は落ちません（ゲーム内容の案を どしどし公開していきます） 薬学生さんへ→ 新薬開発ゲームという名前ですが、実際の新薬設計シミュレーションと変わらない内容です。 無料ソフトとして出します。もちろん市販されている高価なソフトよりも性能は若干落ちると思います。 しかし、科学的な知見が全く得られない代物には しません！。 ゲームマニュアル・薬剤設計の基礎について 本BLOGで公開しています。 当然ですが、私が企画するソフトで出来る範囲の薬剤設計です。 私のアイデアを是非実現化させたいです ＊ここでいう業界用ソフト（新薬開発に使えるソフト）というものは、 Accelrys社の Discovery Studio University of Utah のT. Cheathamらが開発している AMBER などです。 今後も、ゲームソフト開発の流れや、ゲーム画面のイメージなどを公開します♪英語でも公開するつもりです。 ITに強いインド系のかたにも 見て欲しいからです。 |
とりあえず・・・私 澤田敏彦のアイデアをここに公表します！2006-06-13 Tue 17:58
ドラッグクエスト−もう1つのドラクエ−
Drug Quest -The Another World of DRUQUE- なる 世界初 新感覚 新薬開発ゲームを、個人向けで無料Windowsソフトとして開発しませんか！？ Let's develop the free software for Drug design ' DRUQUE ' ! Please check the category ' English version ' (top-right) |
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