マニュアル 初級編 I-�◆〔堯焚醜臺�）の立体構造2006-07-31 Mon 22:45
上の記事 マニュアル 初級編I-�� の最後で、
原子の決まり事�� 炭素原子 「C」 の手は、４本。水素原子 「H」 の手は１本。酸素原子 「O」 の手は２本。 を紹介しました。薬（化合物）は、各種原子から構成されています。 お互いの原子が 「手」 を結び合えば、原子同士が結合していることを意味します。 「手」 には、３種類の表記方法 があります。それぞれ意味が違います。 薬は、実際には ３次元構造 を取っているので、紙面上で薬の構造を正しく表すことができません。 そこで、３種類の 「手」 を駆使して、薬の立体構造をイメージします。 下の図で、「手」 の表記方法と立体構造の関係を説明しています。  ３次元構造の薬を、紙面上で表すには、独特な記号を用います。最初は慣れませんが、専用のグラフィックソフトで具体的に 薬の３Ｄ構造 を見れば、直感的に解ってきます。 上の図で、 薬を紙面上のモデル図で表す時のルール が登場しました。２つ目になります。 1つ目は、本カテゴリの過去記事 マニュアル 初級編 I-� ）瀬皀妊襪琉嫐� にあります。  |
只今 帰国しました。2006-07-30 Sun 18:52
澤田敏彦です。只今 帰国しました。
記事が更新できなくて 申し訳ありませんでした。 今後、遅れを猛烈に取り返したいです。 idstopsさんが、私のBLOGにレビューを書いてくださいました。 評価５を頂きました。 ありがとうございます。 とてもうれしいです♪ ところで、どこで そのレビューが見れるのかを どなたか 教えて頂けませんか？ idstopsさんには、必ずお礼のメッセージを、お送り致します。idstopsさんのBLOG等を 探し当てます！ |
I have joined 23rd international Carbohydrate Sｙmposium in Canada.2006-07-28 Fri 05:01
I have a good idea for carbohydrate mimic peptide for new drugs.
I open my idea in this blog.  |
ふふ♪ 雑談大好きっ子です。2006-07-20 Thu 20:16
私は、雑談も大好きでし♪
土曜日から学会なので、１週間くらい ブログの更新が 止まりMAX。 |
マニュアル 初級編 I-� ）瀬皀妊襪琉嫐�2006-07-20 Thu 11:16
マニュアル 初級編 I-�� Gb3の本当の構造は何？（すなわち、棒モデルの解釈の仕方は？）
まず、みなさんのPCで、Gb3を表示させましょう。 京都大 五斗先生らの化合物データベースに行きます。 http://www.genome.ad.jp/kegg/ligand.html 下に示した図１の画面に行けましたか？  図１をクリックすると、別画面で図１が表示されると思います。とても見にくいです。別画面中の図をもう一度クリックすると、図の右下に 「通常のサイズに伸ばす」 のアイコンがでますので、そこをクリックすれば、図が拡大されて見やすくなります。 図１で示したところに、「Gb3」 と入力して、右の 「Go」 をクリックして検索を開始します。すると、下の図２になります。  図２を見ると、10個のデータが検索で引っかかったようです。 一番上の 「cpd:C13924 」 をクリックしてください。すると、以下の画面が現れます。  矢印で示したモデル図が Gb3 です。立体的なGb3を紙の上で表現すると、そうなります。 薬剤設計に便利な化合物データベースは、このようなモデル図で構成されています。この図を理解する必要があります。 Gb3のモデル図について、下の図で説明しています。  上の図を熟読すると、最後に２つの疑問が出ています。 疑問 II. 「手」 には３つの表記方法がある。その意味は何か？ の回答は、 マニュアル 初級編 I-�� で示します。 疑問 I. 左の「C」 に、なぜ「２個のH」 を付けたのか？ の回答ですが、上図では不十分ですので 補足説明します。 上図で、 炭素原子「C」 の手は４本、水素原子「H」 の手は１本 であることを述べました。このルールに従うと、疑問 I への回答は以下となります。 もし１個の H のみを C に付けてしまうと、 C の手が３本 になってしまう → これは C の「手の数」についてルール違反。だから２個の H を C に付けて、C の手を４本 にする。 薬剤（化合物）をモデルで表す場合のルールとして、 炭素原子 C に付いている水素原子 H は省略されます を紹介しました。 しかし、１つの水素原子しか付けることができない とは言っていません。 各原子が持っている「手の数」にルール違反が無いように H を付ければいいです。 |
新薬設計のやり方（初級編）を公開2006-07-18 Tue 18:14
個人向け無料 新薬開発ゲームで 新薬開発が本当にできることを
ベロ毒素に対する薬の設計 で具体的に説明しました。 →カテゴリ ゲーム画面・内容 を参照。 その記事の復習をします。 ベロ毒素のBユニットに はまり込む Gb3という化合物に対して、プレーヤー（私）は 「pseudo-Gb3」 という 「Gb3に似せた人工化合物」 を設計しました。 少なくともGb3とpseudo-Gb3が パッと見で似ていることは、納得して頂けると思います。 →過去記事 [2006/06/28 02:42] 中の図を参照。 どうか その記事を熟読してください。 プレーヤーは、パッと見で似せた後、似せた化合物の薬理効果を化学計算で評価します。 しかし、 どうやってpseudo-Gb3を思い付いたのか？ について説明していませんでした。 私は過去記事中で、Gb3やpseudo-Gb3を 棒モデル で表現していたので、みなさんは Gb3やpseudo-Gb3の本当の形すら知らないはずです。 ここのカテゴリでは、 「どうやってpseudo-Gb3を思い付いたのか？」を理解するための基礎知識 を公開します。以下の順番で説明します。 Ｉ. まず、Gb3の形を詳細に理解する。その方法論は、全化合物で共通 ��Gb3の本当の構造は何？（すなわち、棒モデルの解釈の仕方は？） ��Gb3の構造は、実際には三次元。無料PCソフト（ネットから落とす）を使ってGb3の構造を観察しよう。（ゲームが開発されていれば、ゲーム中で見れる） ��Gb3に限らず、全ての化合物は 常に構造変化している （こいのぼり が空で泳ぐようなイメージ） II. Gb3に似ている化合物「pseudo-Gb3」の設計方法 ��-OH基（ヒドロキシ基と読む）は、-SH基（チオール基）-NH2基（アミノ基）と似ている。 �▲轡�ロヘキサン環（Gb3では、オキサン環）は、ベンゼン環と似ている。 ご期待ください♪ |
カテゴリ「ゲーム画面・内容」で、新薬開発ゲームの内容・マニュアルを公開中2006-07-16 Sun 20:46
カテゴリ ゲーム画面・内容
で、個人向け無料新薬開発ゲームの内容やマニュアルを公開しています。日々、追加更新します。 長い文章の記事ばかりですが、丁寧に書いているつもりです。 もし、わからないところがありましたら、是非 質問コメントをお寄せくださいませ。 ここで、ゲームマニュアルの公開方針に触れておきます。 新薬開発ゲーム（薬剤設計）ですので、それなりの専門知識が必要です。専門知識の以前に、基礎知識が必要です。 ゲーマーのみなさんは、 誰が勉強してまでゲームをするか。アホらしい と考えると思います。 なので、基礎の基礎を、ゲームマニュアルの1ページ目で語るつもりは 全くありません。 ゲーム目的やゲームの流れ に 興味が沸いてこそ、必要に迫られて、基礎を勉強してみるかという気になります。 ですから、具体的なゲームの流れ を一番最初に公開しました。 カテゴリ ゲーム画面・内容 でゲーム内容を公開しています。 まずは、一番古い記事から読み進めてください。 新しい記事ほど、基礎知識の説明になり、何の話なのか わからなくなりますので。 |
薬理効果の評価 その�◆� ドッキング計算2006-07-16 Sun 20:01
プレーヤーは、薬剤を設計した後、 化学計算 を行って その薬理効果を評価します。 ドッキング計算 は、評価方法の１つです。
カテゴリ ゲーム画面・内容 の記事で、以前に説明した方法は、 評価方法 その� �設計した薬剤と薬剤ターゲットの複合体を構造最適化 → 設計した薬剤と薬剤ターゲトとの結合エネルギー算出 でした。この方法と、今回説明する その�◆�ドッキング計算 は若干違います。しかし、薬剤と薬剤ターゲットの複合体を構造最適化するという意味では 良く似ています。 ドッキング計算でも、薬剤ターゲットと薬剤の複合体を構造最適化しますが、その際に、 薬剤ターゲット側の構造を固定 します。 そして、薬剤ターゲットに はまり込んでいる薬剤の構造のみ を 構造最適化 します。 ドッキング計算の結果は、RMSの値で評価します。 その値の大小で、薬剤が強く はまり込んでいるのか？を判断します （詳しくは、今後公開します）。 ちなみに、評価方法 その�，任蓮¬�剤ターゲットと薬剤の複合体の全体を構造最適化しています。薬理効果の判断は、RMS値ではなく、薬剤ターゲットと薬剤の結合エネルギー値で行います。 化学計算の量（計算時間の長さ）としては、評価方法 その�◆Д疋奪�ング計算 の方が少ない（計算時間は短い）です。 ところで、化学計算による薬理効果の評価 を説明する時に、 構造最適化する という表現が何度も登場しました。 「薬剤と薬剤ターゲットの複合体を構造最適化する」 とは、どういう意味なのか？」についても 今後説明します。 |
新薬開発ゲームは、小学生でもプレーできます2006-07-15 Sat 14:17
新薬開発ゲームは、小学生でも遊べます。
私が公開しているゲーム内容からして、 素人には無理だ と思われた方がいるかもしれません。 しかし、それは誤解です。 私のゲーム説明を読むより、実際にゲームを触ってみる方が 断然解りやすいです。 とりあえずゲームを買って触ってみる → とりあえず、私のアドバイスやマニュアルを鵜呑みにしてプレーしてみる → ゲームに慣れてくる → 薬剤設計の方法（最初は他人のマネやアドバイスの鵜呑みでＯＫ。薬剤ターゲトが異なれば、薬剤設計の方法論をマネしても問題なし） が理解できれば、 意外に単純なゲーム だとわかる → 最先端科学の薬剤設計に興味がわく → 私のアドバイスや他人のマネだけでは物足りなく感じる → 自分で薬剤設計の勉強をしてみたくなる → 自分なりの薬剤設計アイデアが沸く → 自分のアイデアで設計したくなる → ・・・ という流れが 万が一にも実現すれば、私の儲けなんか 全く関係ない世界が訪れます。 プレーヤーは 最先端科学者の仲間入りです。 薬剤設計の基礎知識は、ゲームで遊びながら 後から身に付ければいいと思います。 子供でもできると思います。 私が考えている 個人向け無料新薬開発ゲームは、既存の業界ソフト Discover Studio を可能な限り忠実に移植して実現化したいです。 すなわち、使い勝手を知っている業界人も 個人で薬剤設計ができます（業界ソフトは、価格が高すぎて個人では買えないです）。 使い勝手がわからない ゲーマーさんや子供さんは、私が丁寧にサポートします。 |
薬剤開発ソフト「ドラクエ」の英語版BLOGも公開します2006-07-13 Thu 18:10
もし、新薬開発ゲームが開発販売されたならば、欧米や日本だけでなく、ITに強いインドでも売れると考えています。
本BLOGの英語版を、がんばって公開します。 http://blogs.yahoo.co.jp/tsawada1124/MYBLOG/yblog.html?fid=1111266&m=lc |
新たな化合物データベースをお知らせします2006-07-13 Thu 15:24
新薬開発ゲームをプレーする際に、化合物データベース（DB）があると便利で楽しいことを すでに述べました。
日本農芸化学会誌を読んでいたところ、無料で便利なDBを新たに見つけました。京都大学化学研究所 五斗先生らが 公開しているDBです。 http://www.genome.ad.jp/Japanese/ 英語版、日本語版があります。 以前に述べた 「新薬開発ゲームで使えるDB」の条件のうち、 �ζ探�化合物を検索できる 以外はカバーしていると思います。 |
無料 新薬開発ゲーム（もはやゲームではない気がしますが） はｲｲと思います2006-07-13 Thu 14:54
http://it.nikkei.co.jp/internet/news/index.aspx?n=MMITba032015042006
↑こんな情報を見つけました。 ベンチャーや大学が途中まで開発したものの資金難などから譲渡せざるを得なくなった新薬技術や、新薬につながる化学物質などの特許情報をインターネット上に載せるそうです。 やっぱり 無料の新薬開発ゲームで新薬設計が出来るようになると楽しそうです！ |
新薬開発ゲーム： プレーヤーは、自分が設計した薬剤の効果を「化学計算」によって評価する2006-07-12 Wed 11:53
新薬開発ゲームの最も楽しい点の１つは、
プレーヤーが 独自のアイデアで薬剤を設計 して、その薬理効果を 「化学計算」で評価する ことです。 計算結果で、一喜一憂します。ワクワクします。 得られた結果が悪ければ、「どこが悪かったのか？」を考察して（情報交換の場で相談したり。）、薬剤を設計変更し、再度 化学計算で評価します。 以前に書いた記事で、「化学計算」での薬剤評価方法 その�，箸靴董� 「設計した薬剤と 薬剤ターゲット の複合体を構造最適化」 → 「設計した薬剤と薬剤ターゲトとの結合エネルギー算出」 −�� という計算の流れを説明しました。 設計した薬剤が、薬剤ターゲットに がっちり はまり込む ならば、両者は 強く結合している はずであり、 設計した薬剤と薬剤ターゲトとの結合エネルギーは高い はずです。 従って、結合エネルギーが低ければ、薬剤の構造を変更する必要があります。 評価方法は、�，梁召砲� ドッキング計算 という方法があります。実際に、本ゲームで行える化学計算です。 |
新薬開発ゲームの実物を実際に確認したい場合は・・2006-07-11 Tue 16:08
ゲーム画面の実物を実際に確認したいかたがいらっしゃいましたら、是非 連絡先をコメントで送ってくださいませ（公開か非公開かを明記してください。対応致します）。
参考ソフトの「Discover Studio」を、お見せすることができます。 |
当面の薬剤ターゲットは・・2006-07-11 Tue 12:41
私の専門は、糖質化学です。
なので、当面の薬剤ターゲットを 糖鎖関連反応 に絞ります。 様々な疾病に 糖鎖 が関与していることは、最近の研究で明白です。 しかし 糖鎖 は、複雑な構造を持っているために、工業的に大量に作る必要がある 薬 としては不向きです。 ですから、新薬開発ゲームで遊びながら 糖鎖の機能を似せた化合物 をどんどん設計しましょう！ また、特に克服したい病気 例えば、 ガン、エイズ（HIV）、アルツハイマー、狂牛病（ヤコブ病） 等は、何とかして 薬剤ターゲットに 入れます。 |
大学の研究室様へ2006-07-10 Mon 04:18
本ゲームは、新薬開発ゲームという名前ですが、単なる分子モデリングのツールですので、その範囲内なら何でもできます。
・単に「薬」だけでなく、生命科学実験に必要な 特異的酵素阻害剤の設計 ができます。 ・タンパク質の ホモロジーモデリング ができます。 ・低分子や高分子の 分子力学・動力学計算 ができます（薬などに関係していない系でも可能です）。Discovery Studioには、様々な分子力場パラメーターが納められています。 ですから、大学研究室関係の皆さまが、薬剤ターゲットの提供だけでなく、共同研究の依頼もできるようなシステムに致します。 |
新薬開発ゲームで使える化合物データベースの条件2006-07-10 Mon 03:20
本ゲームでプレーヤーが薬剤設計をする際、化合物データベースが要ります
カテゴリ ゲーム画面・内容 で、化合物データベース（DBと略します）の重要性を述べました。 DBを検索した結果、参考にしたい化合物があったならば、プレーヤーはその化合物構造をダウンロードしたいはずです。 なぜなら、 DB検索で引っかかった化合物構造を、プレーヤー自身が手書きで写し取るのは面倒ですし、ミスします。 よって、利用可能なDBの条件は、 �〔砧繊� ��登録化合物が多い �２醜臺�の部分構造を基にして検索できる �じ〆�でヒットした化合物構造をダウンロードできる �ゥ瀬Ε鵐蹇璽匹靴寝醜臺�構造ファイルが、本ゲームで開ける �ζ探�化合物を検索できる だと考えます。今のところ、� 辞イ両魴錣帽腓�DBは、 日本化学物質辞書Web（JST科学技術振興機構） http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html です。 医薬品3D structure DB(東京薬科大学)は、かなり使えそうですが、私のPCでは 化合物部分構造からの検索が上手くできません。よって、使い勝手が確かめられません。 また、農薬DB（http://w-chemdb.nies.go.jp/n_oyaku/n_start.asp） では、化学構造ファイルのダウンロードが できません。 しかし、この程度の小さい分子でしたら、簡単にゲーム中で手書きできます。 手書きできる範囲の化合物 が検索できるDBとしては、試薬屋のOn-lineカタログが便利です。 販売している化合物 で検索できる利点は、とても重要です。 �ζ探�化合物を検索できる これについては、便利な無料サイトを近日中に探して、その使い方や便利性を考察します。この手のDBは、有料 なものがほとんどです。 |
私のアイデアはオリジナルです2006-07-08 Sat 23:59
http://www.sega-mechatro.com/whats/column/boomholder/040boom.html
このサイトに、「新薬開発ゲーム」に関するコラムが載っていることを知りました。一見すると、同じようなアイデアですが、具体性があるのか という点で大きく異なります。 私は、「人体の働きをコンピュータ上でシミュレートするソフト」を使っていませんし、存在自体を知りません。私が提案しているソフトは、薬剤のターゲット分子（タンパク質分子であり、細胞や人体ではありません）と薬剤の相互作用を解析するソフトです。ですから、薬剤のターゲットになる分子を、私が用意する必要があります。 また、上のサイトでは、「プレーヤーは、自分の端末で仮想の薬を合成します。」と言っています。この点は、私のアイデアと似ています。しかし、そのサイトでは、仮想薬の合成設計する方法が説明されていません。さらに言えば、「自分の端末」とは具体的に何でしょうか？ という訳で、私のアイデアはオリジナルです。 |
新薬開発ゲームの開発＝既存業界ソフトの機能を参考にする2006-07-08 Sat 23:17
個人向け 無料 Windows版 新薬開発ソフトを作る際に参考にする無料ソフト
Accelrys社の DS Visualizer 1.6 → 本BLOGのカテゴリ 無料の３D分子表示ソフト DS Visualiser の使い方 で詳細に紹介しています。 分子力学計算ソフト TINKER → 使い勝手 等を公開します。 |
新薬開発ゲーム 「ドラクエ」 をサポートする化合物データベース2006-07-07 Fri 01:56
個人向け無料新薬開発ゲーム ドラクエ は、薬剤開発のためのツールです。薬剤設計を楽しむゲームです。
プレーヤーのサポートを私が行います。 具体的には、 ゲームマニュアル 情報交換の場の提供 薬剤ターゲットの追加 新薬設計に役立つ既存薬品データベース 等を提供します。 ここでは、既存薬品データベース、薬剤ターゲットの情報源を公開します。 既存薬品データベース SIGMA-ALDRICH社の薬品カタログ http://www.sigmaaldrich.com/cgi-bin/hsrun/Suite7/Suite/Suite.hjx;start=Suite.HsSubstructureSearch.run?MenuItemName=SubstructureSearch 東京化成工業社の薬品カタログ http://www.tciamerica.com/cgi-bin/strsearch ↑これらのサイトできること プレーヤーが設計中の化合物の部分構造を具体的に記入して検索すると、 その部分構造を含んでいる化合物が売っているか？ を調べられる。ただし、その企業が扱っている化合物に限る。無料。 NCBI(National Center for Biotechnology Information)の検索サイト http://www.ncbi.nih.gov/ 医薬品３次元構造database(東京薬科大学薬学部第二薬化学教室) http://www.pharmis.org/jp/ ↑部分構造からの検索可 農薬データベース http://w-chemdb.nies.go.jp/n_oyaku/n_start.asp ↑部分構造からの検索可 日本化学物質辞書Web（JST科学技術振興機構） http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html ↑部分構造からの検索可 今後、無料の化合物データベースをもっと探して、紹介します。例えば、 天然に存在する化合物（天然物） 特許化合物（薬を含む） 等に それぞれ特化したデータベース を探します。 薬剤ターゲットの情報源 タンパク質のＸ線結晶構造データベース http://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do;jsessionid=O4hPkMdfRTnXDcGC-pSEVg** 私が、このサイトから薬剤ターゲットをピックアップします。 |
新薬開発ゲームの攻略法� 〇堡里量�品が別の効能を持つかも！？2006-07-03 Mon 17:35
先の例で、プレーヤーは、ゲーム中でGb3の類似化合物を設計しました。プレーヤーは、その化合物の薬理活性を化学計算で評価します。悪い結果の場合には、化合物の形を微妙に変更して、再評価します。
そして、やっとのことで、強い薬理活性がありそうな化合物が設計できたとします。ゲーム的には、それでクリアです。 しかし、このゲームの良さは、その 設計した化合物を製薬会社に売り込める 点です。 製薬会社に、プレーヤーが設計した化合物を作ってもらい、薬理試験しよう と試みます。 ところが、 設計した化合物が実際に人工的に作れるか？ と考えた時、 簡単にはできない ことが多いです。 その場合、 企業はその化合物を欲しがりません。 そうなっては、せっかく設計したのに楽しくありません。 この問題を回避するための、新薬設計のテクニックを紹介します。 別の用途で使われている市販薬品が、プレーヤーが設計しようとしている化合物に成りえないか を調べる です。具体的に説明します。 先の例で、プレーヤーは、ベロ毒素Bユニットに はまり込む化合物を設計しました。設計した後、化学計算で薬理活性を評価します。 悪い結果ならば、良くない部分構造を変更して再評価します。 この作業を繰り返すことで、より良い新薬化合物に近づきます。 この繰り返し作業の中で、 「Ａ．プレーヤーが設計中の新薬候補化合物」 と 「Ｂ．すでに市販されていて、別の用途で使う薬品」を比較して、 Ｂの中にＡに似た化合物は無いか？ を調べます。もしＡと類似した市販薬品B-bが存在するのなら、 B-bのベロ毒素に対する薬理活性 を調べてください（化学計算で確かめてください）。 B-bが、新たな抗ベロ毒素新薬になるかもしれません。 市販薬品ならば、製薬会社が手間をかけて 一から作り方を研究する必要がありません。 ですから、 別の病気治療に使われているB-bという薬は、ベロ毒素にも効く という新しい情報を、プレーヤーが発見すれば、 それだけで特許が取れる はずです。 その特許は、製薬会社に売れます。 というわけで、プレーヤーが利用できる市販薬品の無料データベースを、私が探します。 データベースに関する情報は カテゴリ「私が準備・提供するものは・・」 で公開します。 |
|
| HOME |
|
