カテゴリ「ゲーム画面・内容」で、新薬開発ゲームの内容・マニュアルを公開中2006-07-16 Sun 20:46
カテゴリ ゲーム画面・内容
で、個人向け無料新薬開発ゲームの内容やマニュアルを公開しています。日々、追加更新します。 長い文章の記事ばかりですが、丁寧に書いているつもりです。 もし、わからないところがありましたら、是非 質問コメントをお寄せくださいませ。 ここで、ゲームマニュアルの公開方針に触れておきます。 新薬開発ゲーム（薬剤設計）ですので、それなりの専門知識が必要です。専門知識の以前に、基礎知識が必要です。 ゲーマーのみなさんは、 誰が勉強してまでゲームをするか。アホらしい と考えると思います。 なので、基礎の基礎を、ゲームマニュアルの1ページ目で語るつもりは 全くありません。 ゲーム目的やゲームの流れ に 興味が沸いてこそ、必要に迫られて、基礎を勉強してみるかという気になります。 ですから、具体的なゲームの流れ を一番最初に公開しました。 カテゴリ ゲーム画面・内容 でゲーム内容を公開しています。 まずは、一番古い記事から読み進めてください。 新しい記事ほど、基礎知識の説明になり、何の話なのか わからなくなりますので。   |
薬理効果の評価 その�◆� ドッキング計算2006-07-16 Sun 20:01
プレーヤーは、薬剤を設計した後、 化学計算 を行って その薬理効果を評価します。 ドッキング計算 は、評価方法の１つです。
カテゴリ ゲーム画面・内容 の記事で、以前に説明した方法は、 評価方法 その� �設計した薬剤と薬剤ターゲットの複合体を構造最適化 → 設計した薬剤と薬剤ターゲトとの結合エネルギー算出 でした。この方法と、今回説明する その�◆�ドッキング計算 は若干違います。しかし、薬剤と薬剤ターゲットの複合体を構造最適化するという意味では 良く似ています。 ドッキング計算でも、薬剤ターゲットと薬剤の複合体を構造最適化しますが、その際に、 薬剤ターゲット側の構造を固定 します。 そして、薬剤ターゲットに はまり込んでいる薬剤の構造のみ を 構造最適化 します。 ドッキング計算の結果は、RMSの値で評価します。 その値の大小で、薬剤が強く はまり込んでいるのか？を判断します （詳しくは、今後公開します）。 ちなみに、評価方法 その�，任蓮¬�剤ターゲットと薬剤の複合体の全体を構造最適化しています。薬理効果の判断は、RMS値ではなく、薬剤ターゲットと薬剤の結合エネルギー値で行います。 化学計算の量（計算時間の長さ）としては、評価方法 その�◆Д疋奪�ング計算 の方が少ない（計算時間は短い）です。 ところで、化学計算による薬理効果の評価 を説明する時に、 構造最適化する という表現が何度も登場しました。 「薬剤と薬剤ターゲットの複合体を構造最適化する」 とは、どういう意味なのか？」についても 今後説明します。 |
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