ふふ♪ 雑談大好きっ子です。2006-07-20 Thu 20:16
私は、雑談も大好きでし♪
土曜日から学会なので、１週間くらい ブログの更新が 止まりMAX。   |
マニュアル 初級編 I-� ）瀬皀妊襪琉嫐�2006-07-20 Thu 11:16
マニュアル 初級編 I-�� Gb3の本当の構造は何？（すなわち、棒モデルの解釈の仕方は？）
まず、みなさんのPCで、Gb3を表示させましょう。 京都大 五斗先生らの化合物データベースに行きます。 http://www.genome.ad.jp/kegg/ligand.html 下に示した図１の画面に行けましたか？  図１をクリックすると、別画面で図１が表示されると思います。とても見にくいです。別画面中の図をもう一度クリックすると、図の右下に 「通常のサイズに伸ばす」 のアイコンがでますので、そこをクリックすれば、図が拡大されて見やすくなります。 図１で示したところに、「Gb3」 と入力して、右の 「Go」 をクリックして検索を開始します。すると、下の図２になります。  図２を見ると、10個のデータが検索で引っかかったようです。 一番上の 「cpd:C13924 」 をクリックしてください。すると、以下の画面が現れます。  矢印で示したモデル図が Gb3 です。立体的なGb3を紙の上で表現すると、そうなります。 薬剤設計に便利な化合物データベースは、このようなモデル図で構成されています。この図を理解する必要があります。 Gb3のモデル図について、下の図で説明しています。  上の図を熟読すると、最後に２つの疑問が出ています。 疑問 II. 「手」 には３つの表記方法がある。その意味は何か？ の回答は、 マニュアル 初級編 I-�� で示します。 疑問 I. 左の「C」 に、なぜ「２個のH」 を付けたのか？ の回答ですが、上図では不十分ですので 補足説明します。 上図で、 炭素原子「C」 の手は４本、水素原子「H」 の手は１本 であることを述べました。このルールに従うと、疑問 I への回答は以下となります。 もし１個の H のみを C に付けてしまうと、 C の手が３本 になってしまう → これは C の「手の数」についてルール違反。だから２個の H を C に付けて、C の手を４本 にする。 薬剤（化合物）をモデルで表す場合のルールとして、 炭素原子 C に付いている水素原子 H は省略されます を紹介しました。 しかし、１つの水素原子しか付けることができない とは言っていません。 各原子が持っている「手の数」にルール違反が無いように H を付ければいいです。 |
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