薬剤開発ターゲット ホスホジエステラーゼ４2006-08-05 Sat 23:45
薬剤開発ターゲットとして、
ホスホジエステラーゼ４（PDE4） を紹介します。 PDE4の働きを邪魔する化合物は、 アレルギー症状、喘息、アトピー性皮膚炎の薬 に成り得ます。 PDE4は、炎症を誘発する酵素です。アレルギー症状は、一時的な過剰炎症反応です。 なので、アレルギー発作時に PDE4の作用を一時的に抑えれば、症状が治まると期待されます。 下の図は、PDE4の活性部位です。棒モデルで示した化合物が リボンモデルで示したPDE4に はまり込んでいます。  プレーヤーの目的は、棒モデルで示した化合物よりも、強く はまり込む化合物 を設計することです。 実際に、幾つかの製薬会社が、PDE4に効く薬の開発販売をしているようです。 参考サイト 蛋白質の勉強部屋☆ http://hiya1118.blog52.fc2.com/blog-entry-925.html   |
マニュアル 初級編 I-�� 薬（化合物）は 常に構造変化している ：こいのぼり が空で泳ぐようなイメージ2006-08-05 Sat 23:00
マニュアル 初級編 I-�� では、
薬（化合物）は、常に構造変化している −こいのぼりが空で泳いでいるイメージ− を説明します。 プレーヤーは、新薬開発ゲームで遊びながら、 Gb3に似せた化合物 を設計します。 → カテゴリ ゲーム画面・内容 を参照。 化合物の3次元構造を、新薬開発ゲームの画面（現在は、専用の無料ソフト）で見ることが出来ます。 →無料ソフト DS Visualizer のインストールは、本カテゴリの過去記事を参照。 化合物をPCの画面で表示してしまうと、 化合物が、その構造のまま 体内でプカプカ漂っていそうだ と 勘違い してしまいます。実際は違います。 化合物は、こいのぼりが空で泳いでいる ような感じで 構造変化 しています。 構造が変化するからといって、全く別の化合物になるわけではないです。（こいのぼりは、風を受けて形が変化しますが、どんな形であっても こいのぼり です。） こうした事情があるので、プレーヤーは、新薬を設計した後に 化学計算 具体的には 構造最適化 を行って、設計した化合物の 薬理活性評価 をします。 マニュアル I-�� では、DS Visualizer を使って Gb3 の3次元構造を見ながら、 Gb3の構造変化 について説明します。 構造変化の考え方は、全化合物で共通です。 プレーヤーは、手動で化合物の構造変化させながら、新薬設計を進めて行きます。なので、プレーヤーは、 化合物の どういう構造変化ならOKなのか？ を知る必要があります。この範囲を超えた「構造変化」を駆使して薬を 設計してしまうと、 化学計算による薬理活性評価 の段階で 全く見当違いな結果が出てしまいます。 その設計した化合物に、どれだけ工夫を追加しても 無意味になるでしょう。  |
世界中のゲーム開発会社所在地を表示する2006-08-05 Sat 14:42
http://gigazine.net/index.php?/news/comments/20060507_gamedevmap/
世界中のゲーム開発会社所在地を表示する こんな記事がありました♪（GIGAZINE） 参考に致します！ |
既存業界ソフト Discovery Stuido について2006-08-05 Sat 14:33
既存の薬剤開発支援ソフト Discovery Stuido（Accelrys社） について色々書いていこうと思います。
カテゴリ ゲームマニュアル 初級編 で、同じくAccelrys社が公開している無料グラフィック表示ソフト DS Visualizer の取得・インストールについて、説明しました。 この無料ソフトでは、薬理効果の評価を行うための 化学計算 ができません。有料の Discovery Studio では、行えます。ただし、ネットに繋がっていないとダメなようです。 Discovery Studio では、化学計算の指令 が出せるのみで、計算自体は、別の計算機 が行っている模様です。 こういうシステムにしておけば、 たとえ Discovery Studio が不正コピーされた場合でも、非常に重要な 化学計算による薬理活性の評価 が行えません。 しかしながら、 「化学計算そのものが、高性能PCでしか行えない」 とは とても思えません。 実際に、個人のPCで計算が行える 創薬支援ソフトに、AMBER が販売されています。 |
マニュアル 初級編 I-� ，函�I-�◆，里泙箸�2006-08-05 Sat 14:06
マニュアル 初級編 I-� ，函�I-�◆，瞭睛討鬚泙箸瓩泙后�
立体的な構造を持っている薬（化合物）を紙面に書く際、独特なモデル図を使います。 初級編 I-� ，函�I-�◆，任蓮▲皀妊訖泙瞭匹瀛�を説明しました。 化合物の決まりごと 決まりごと�� 炭素原子 「C」の手は、４本。 水素原子 「H」 の手は１本。 酸素原子 「O」 の手は２本。 決まりごと�� ４つの部品すべてが異なる 場合は、3種類 ある 「手（結合）の表記」 を使い分けて、 化合物の立体構造 を示さなければならない。 化合物をモデル図で表す時のルール ルール�� 化合物をモデル図で表す場合、炭素原子と水素原子の表記は、省略される。 ルール�� 3種類ある 手の表記 のうち、点線くさび型 は、 画面の奥に向かって突き出ている結合を意味する。 太線くさび型 は、画面手前に突き出ている結合を意味する。 実際にやったこと A. Gb3を、化合物データベース KEGG で検索して、Gb3の2次元モデル図を表示させた。 B. 化合物の3次元構造をグラフィック表示する無料ソフト（Accelrys社製） DS Visualizer 1.6 をダウンロードして、PCにインストールした。 C. Gb3の3次元構造データを 日化辞Web からダウンロードして、DS Visualizer で表示させた。 |
マニュアル 初級編 I-�◆〔堯焚醜臺�）の立体構造 その��2006-08-05 Sat 13:22
ここのカテゴリで書いた以前の記事
マニュアル 初級編 I-�◆〔堯焚醜臺�）の立体構造 の中で、まだ説明回答していない疑問が１つありました。記事の図中で最後に載せた疑問です。ここで、その疑問に回答します。 まず これから回答する疑問 を、載せておきます。  下の図で、疑問に答えます。  図の中で、決まりごと�� が登場しました。 決まりごと�� は、本カテゴリの過去記事 マニュアル 初級編 I-� ）瀬皀妊襪琉嫐� に載っています。 |
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