DS Visualizer 1.6 の使い方 -9: トリ型インフルエンザH5を表示する2006-09-05 Tue 18:32
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前回の記事までに、みなさんは、 タンパク質DB （リンク参照）から、 トリ型インフルエンザH5（PDB ID: 2FK0） をダウンロードしました。 そして、無料解凍ソフト Lhaplus で、ダウンロードしたファイル：2FK0[1].pdb.gz を解凍しました。 いよいよ、DS Visualizer 1.6 で、2FK0の構造を見ます。最近話題になっている あの トリ型インフルエンザH5 です。 トリからヒトに感染したことが確認されています。ヒトからヒトは、今のところ感染しないようです。毒性は かなり強いでです。 ファイルを解凍しますと、2FK0[1].pdb という新しくフォルダができ、その中に、2FK0[1].pdb というファイルがあります。 DS Visualizer を起動させて、File → Open → 2FK0[1].pdb を選択すると、2FK0の三次元構造が見れます。 しかし、ファイルが あまりにも大きいために、開くだけで30秒位かかってしまいます。 動作も非常に遅いです。これでは、まともな作業が出来ません ファイルが大きい原因は、1つ示せばいい構造データなのに、同じデータを３つも収容しているからです。それはそれで 重要な点もあります。が、今は 不必要です。 下の図が、重すぎるファイルを表示させたものです。  私自身で、とりあえず不要なデータを削除して、動作をしやすくしました。下が、その図です。  お手数ですが、私にメールをくだされば、変更したファイルをお送りします。左のメールフォーム から、お願いします。   |
DS Visualizer 1.6 の使い方 -8: ダウンロードした構造ファイルの取り扱い2006-09-05 Tue 16:40
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前の記事で、みなさんは、タンパク質データバンク（PDB: リンク参照） から、 トリ インフルエンザ H5の構造 をダウンロードし（圧縮ファイル）、Lhaplus で解凍しました。 このデータの取り扱い方について、注意事項があります。 研究者は、このようなデータを得るために、死に物狂いで研究しています。そして、論文にまとめて報告します。 そのデータを使う時は、論文名、著者名を忘れないように、別紙に控えておきましょう。公式に発表する時は、その論文を引用する必要があります。 具体的には、掲載雑誌、論文題目 等が書かれているページをコピーして、Wordに貼り付けて、保存しておいてください。 論文題目等が書かれているページへは、簡単にいけます。 図で説明します。    |
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