薬剤ターゲット（タンパク質）の加工2006-09-25 Mon 22:53
私は 無料の新薬開発ソフト を世に出そうと努力しています。
薬剤ターゲットは タンパク質分子 です。例えば、コレラ菌の毒素などです。 薬剤ターゲットは、 カテゴリ 薬剤ターゲットの紹介 に、今後も追加していきます。 薬剤ターゲットであるタンパク質は、リンクにもある タンパク質結晶構造データベース（PDBと略す） で、私が探します。 しかし、PDBから得たデータには、水素原子が付加されていません。 なので、水素原子を自動付加するプログラム が必要です。 Reduce という 水素原子自動付加プログラムが公開されています。 http://kinemage.biochem.duke.edu/software/reduce.php 参考にすると思います。勉強します。 DS Visualizer では、クリック１つで 自動に水素原子の付加ができます。  人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪    |
インフルエンザ薬 タミフルの話２2006-09-25 Mon 22:18
以前に、このカテゴリで インフルエンザ薬 タミフル の話をしました。
今回は、タミフルの構造 を DS Visualizer で見ます。 DS Visualizer は無料ソフトで、ダウンロードの仕方は、 カテゴリ ゲームマニュアル の過去記事 マニュアル 初級編 I-�◆〔瑤鮴賤僖愁侫箸妊哀薀侫�ック表示する で、紹介しています。 タミフル (Tamiflu)は商品名です。実際の薬名は、リン酸オセルタミビル だそうです。スイスのロシュ社（日本ではロシュグループ傘下の中外製薬）が販売しているインフルエンザ薬です。 参考サイト wikipedia http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%BF%E3%83%9F%E3%83%95%E3%83%AB インフルエンザウィルスは細胞内で増殖した後、細胞を壊して外に出ます。外に出る時に、ウィルスが持っている ノイラミニダーゼ という酵素が働きます。 タミフルは、ノイラミニダーゼの働きを邪魔します。 現在タミフルは、中華料理で香辛料に使われる、トウシキミの果実である八角の成分シキミ酸を原料に、10回の化学反応を経て生産されているそうです。 2006年、E.J. Corey 先生によってブタジエンとアクリル酸を[1]、柴崎正勝先生によって 1,4-シクロヘキサジエンを出発物質とする[2]オセルタミビルの全合成法が報告されています。 [1] Yeung, Y.-Y.; Hong, S.; Corey, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6310–6311. [2] Fukuta, Y.; Mita, T.; Fukuda, N.; Kanai, M.; Shibasaki, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6312−6313. 実際に リン酸オセルタミビル：Oseltamivir phosphate （タミフル）の構造データをダウンロードします。 リンクにもある 日化辞web に行ってください。 http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html 検索後に Oseltamivir phosphate と入れて検索しても、構造データは得られませんでしたので、oseltamivir で検索し直してください。 すると、検索に引っかかります。下の図を左から見ながら、構造データをダウンロードしてください。    私の場合は、J871_765F.mol というファイルがダウンロードできました。 DS Visualizer でこのファイルを開けば、構造が見れます。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
新薬開発ソフトに 『 分子の重ね合わせ機能 』 は必須2006-09-25 Mon 20:36
無料の新薬開発ソフト にとって、分子重ね合わせ機能 は、とても重要です。
プレーヤーは、薬剤を設計した後に その薬剤を、薬剤ターゲットであるタンパク質の鍵穴に はめ込みます。 もともとは、薬剤ターゲットタンパク質には、基質が はまっていました。基質があった場所に、設計した薬剤化合物を置くわけです。 方法ですが、まず、基質の上に薬剤分子を重ね合わせる。次に、基質を削除する。 末永先生の 無料ソフト Facio には、「分子重ね合わせ機能」が、すでに実装されています。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
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