computational chemistry のこと

computational chemistry のことで わかったことを載せます

ヒトゲノム染色体間法則性解明プロジェクト CHRONOS

Cell Computing

https://www.cellcomputing.net/simple/

NTTデータの分散コンピューティングプロジェクトです。
インターネットにつながっているパソコンの 余剰能力 を集めて 仮想のスーパーコンピューター を作り、科学やエンターテイメントなど様々なテーマの大規模計算問題の解決を目指しています。

現在、Cell computingでは、

ゲノムのパズルを解こう!
ヒトゲノム染色体間法則性解明プロジェクト CHRONOS(クロノス)
ヒトゲノム染色体間の法則性を発見することにより、ガンや糖尿病を始めとする数多くの遺伝病解明・予防のための発見を目指します。

というプロジェクトが稼動しています。

他にも 分散コンピューティングプロジェクト がありますので、紹介したいと思います。
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GlycoEpitope というデータベース

GlycoEpitope という進展中のデータベースがあります。
http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope/

GlycoEpitopeとは、糖エピトープ という意味です。
ここで言う エピトープ とは、抗体(antibody)が認識する構造 という意味だと思ってください。

すなわち、抗体が認識する糖鎖のデータベース ということです。

生命科学の研究手法に、モノクローナル抗体を使った研究方法があります。

抗体は、免疫反応の過程で作られます。異物が生体内に入ると、生体は、異物に対する 抗体(antibody)を生産します。
異なる異物が侵入すれば、新たな抗体が作られます。

すなわち、抗体は、異物の構造を厳密に(場合によっては 曖昧に)認識して結合します。

ということは、抗体は、物質の構造解析に使えます

糖鎖は、生体内に広く存在します。エネルギー源(砂糖、デンプンなど)としての役割がありますが、それ以外の機能が盛んに研究されています。

細胞間の情報伝達に、細胞表面に発現している糖鎖が深く関わっています。 いくつかのウィルスは、細胞表面に発現している糖鎖に結合することで、細胞接着・感染を開始します。ガン細胞に強く発現される糖鎖があります。

すなわち、糖鎖の構造を解析することは重要です。
その解析に、抗体を使うことが出来ます。

抗体は、組織化学の研究でも使われます。
参考サイト
http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/bnsikato/protocol/4-10.html

すなわち、糖鎖に対する抗体を使えば、その糖鎖が、組織のどこに分布しているのかを知ることができます。

糖鎖が関与する生命現象を解明する際、糖鎖エピトープのデータベースである GlycoEpitope があると便利です。

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カーボンナノチューブの生体内受け入れが可能になった

NEDOの海外レポート 06/10/2006からです。

カーボンナノチューブの生体内受け入れが可能になった(アメリカ)

文献 
X. Chan, et al. J. Am. Chem. Soc., 2006, vol 128, No19, 26 April.

カーボンナノチューブ(CNT)は、炭素の同素体で、炭素で出来ている中空のワイヤーで、様々な分野に応用可能な素材。

しかし、CNTは、なぜか細胞毒性があった。医療分野への応用は困難とされていた。

この度、論文の著者らは その困難を克服した。

彼らは、細胞表面上で、潤滑油的な働きをする ムチン に注目。
ムチンを模倣した糖鎖ポリマーを化学合成して、CNTの周りを覆った。

すると CNTの細胞毒性は無くなった。

また、ムチンと結合する細胞は、コーテイングされたCNTに結合した。

CNTをコーテイング糖鎖ポリマーを カスタマイズすれば、ガン細胞のみと接着させることも可能なはずである。すなわち、ドラッグデリバリーに使える。

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