Discovery Studio 1.5 の豆知識

岐阜大学生命科学総合研究センターには、full versionの

Discovery Studio（Accelrys社）

が入っています。

僕は　それを使っています。cff力場による　タンパク質ー基質複合体を分子力学計算しています。

いくつかの系を計算していますが、Mn2+を含んでいる系では、エラーが出ます。

Mn2+に対する力場パラメーターが登録されていないからです。

今後も　Mn2+のcffパラメーターは　追加されないそうです。

岡崎市分子研でのセミナー内容

12月25日から　愛知県岡崎市の分子研で開かれるセミナーに参加します。

第2回計算分子科学集中セミナー

第2回分子・物質シミュレーション中核拠点形成事業人材育成講座

「QM/MM法の基礎と応用−大規模分子計算へのアプローチ」


主催：分子科学研究所計算分子科学研究系・計算科学研究センター

協賛：日本化学会

会期：2006年12月25日（月）13:00− 12月27日（水）12:00

会場：岡崎コンファレンスセンター　小会議室
http://www.occ.orion.ac.jp/

講師：
吉澤一成教授（九州大学先導物質化学研究所）、
林重彦助教授（京都大学大学院理学研究科）、
高橋英明助教授（大阪大学大学院基礎工学研究科）

プログラム：
12月25日（月）　13:00−17:00
「QM/MM法の基礎と概略」第1部・・・林　重彦先生

QM/MM法はタンパク質などの巨大分子中の化学反応機構を探る
ための強力な手法である。本セミナーでは、その方法論の基礎、
及び妥当性と限界について解説する。

12月26日（火）　9:00−12:00
「QM/MM法の基礎と概略」第2部・・・林　重彦先生

12月26日（火）　13:30−17:00
「QM/MM法による酵素化学反応へのアプローチ」・・・吉澤一成先生

呼吸、代謝、神経伝達、光合成、窒素固定、生体防御など、生命の
活動を支えているのは酵素反応である。巨大な分子である酵素には
１個か数個の遷移金属が含まれ、重要な生体機能を司っている。
本セミナーでは、密度汎関数計算やQM/MM計算を駆使して行った
酵素の活性構造と反応性について解説する。具体的には、メタンモ
ノオキシゲナーゼ、シトクロームP450、ジオールデヒドラターゼ、フェ
ニルアラニンヒドロキシラーゼ、ヘムオキシゲナーゼ、ドーパミンβモ
ノオキシゲナーゼについての応用例について述べる。

12月27日（水）　9:00−12:00
「QM/MM法による溶液内自由エネルギー計算」・・・高橋英明先生

QM/MM法の主たる研究対象は、溶液やタンパク質をはじめとする
凝縮系の化学過程である。このような系では溶媒の空間分布が時間
とともに揺らぐので、反応経路を決定するには自由エネルギーを計算
することが本質的に重要である。新規な統計力学の理論とQM/MM法
を組み合わせて、効率良く化学過程の自由エネルギー変化を計算す
るための方法論について解説する。

楽しみです