Amberパラメーターの書式

Amberパラメーターの書式は、マニュアルに書いてありました。
（当たり前ですがｗ

Amberパッケージで読み込む　amberff99パラメーター と、
Tinkerで読み込む　amber99パラメーターは、
データは　同じなはずです。（同じでした。僕が見た限りではｗ）
書式のみが違います。

Amberパッケージに収められている　パラメーターファイルの
書式説明があるページです。実際のファイルを見ながら読むと　わかったり　わらんかったりｗｗ
↓
http://amber.scripps.edu/formats.html#topology
AMBER file formats


目次

Parameter/topology file specification (prmtop)
Standard prmtop information
Box information for periodic boundary conditions
PARM cap information
Perturbation information
Polarization information
Coordinate/restart file specification (inpcrd, restrt)
Trajectory (velocity or coordinate) file specification (mdcrd, mdvel)
Binary (NetCDF) trajectory (velocity or coordinate) file specification (mdcrd, mdvel)
Force field parameter files' specification
Main parameter set (parm*.dat) 　←パラメーターファイルの書式説明有り。
Parameter modification file (frcmod)
Prep input files, useful for understanding the topology database files, and Antechamber output files.