インフルエンザＨＡ１タンパク質のアミノ酸配列解析

インフルエンザＨＡ１タンパク質のアミノ酸配列解析

インフルエンザの片道切符(One-Way Ticket for Influenza)
The Global Circulation of Seasonal Influenza A (H3N2) Viruses
p. 340-346.
Science April 18, 2008, Vol.320

過去5年間のインフルエンザの大流行は東アジアや東南アジアで、
おそらくは土着性というより時間的にオーバーラップして発生した流行から、
生まれたウイルスが原因であろうと思われる。

Russell たち(p. 340)は、13000株のインフルエンザウイルスから、
赤血球凝集素(hemagglutinin)のHA1領域を解析し、循環している株の家系を調べた。

人の移動と通商による接触によって、アジアから6〜9ヶ月かかってヨーロッパや北アメリカに到着する
という、

インフルエンザの世界的なウイルス分散の一方向の旅を説明できる。

数ヵ月後にこれらのウイルス株は南アメリカに到達し、そこが彼らにとっての進化の墓場となる。(Ej,hE,nk)

↑HA1領域のアミノ酸配列データを比較解析しているのでしたら、
以下の論文で指摘する誤差が生じるのでしょうか？
同じウイルスの中だから、カバーしている時間の範囲が狭いから　問題ないのかな？
論文をしっかり読まないと　ダメそうです。。
↓


系統発生の誤り訂正（Phylogenetic Error Correction）
Phylogeny-Aware Gap Placement Prevents Errors in Sequence Alignment and
Evolutionary Analysis
p. 1632-1635.

分子配列アライメント方法は、進化の関連を解析するための鍵となる手段である。

しかしながら、LoeytynojaとGoldman(p. 1632)は、現行の方法では系統誤差が生じること、

例えば、比較ゲノム解析において進化の推論の結果にかたよりが生じることを示している。

これらの誤差はより多くの配列データをサンプリング（標本化）しても訂正されない--

実際に、この誤差はサンプリングが多くなると益々増える。

系統発生と配列の進化の研究において、マルチプルアライメント（多重アライメント）を行うことで、
これらの系統誤差を避けることができる。(hk,KU)