Facio のダウンロード2006-09-29 Fri 02:31
無料の3D分子モデル作成ソフト Facio が、次のサイトでダウンロードできます。末永先生が 開発なさっています。
http://www1.bbiq.jp/zzzfelis/Facio_Jp.html 私が企画する 無料の新薬開発ソフトが、 Facio のバージョンUP という形で 実現できれば満足です。 無料の分子力学計算ソフト Tinker は、別のサイトからダウンロードします。 Facio で Tinker を動かすことができます。  人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪    |
TINKERの開発者さんに 問い合わせメール送信2006-09-28 Thu 18:04
無料の新薬ソフト を世に出そうと企画しています。
この企画には、無料の分子力学計算プログラム が必要です。 無料の計算プログラムに Tinker があります。 今日、Tinkerの開発者さん達に 問い合わせのメールを送りました。 Dear Prof. ○× and Tinker co-developers My name is Toshihiko Sawada. I'm Ph.D. student in Gifu University, Japan. I am going to use Tinker program. Thank you very much for releasing excellent free program. I have a question. Please give me some advice. I try to minimize a protein-substrate complex by Tinker program. I have downloaded the complex data from PDB, and then put hydrogen atoms on the complex. In this case, which force field parameters should i select ? Do you have a program for putting automatically atom type ? Kind regards, Toshihiko Sawada Ph.D. Student, Department of Applied Bioorganic Chemistry, Gifu University, Japan 返信が楽しみです。無視されませんように・・。 まずは親密になるように努力します。 そして、問題を克服する手助けを頂戴します。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
新たな 低分子化合物データベース を見つけました2006-09-27 Wed 23:57
無料の新薬開発ソフト を世に出そうと努力しています。
カテゴリ 私が準備・提供するものは・・ の過去記事 新薬開発ゲームで使える化合物データベースの条件 カテゴリ ゲーム画面・内容 の過去記事 新薬開発ゲームの やり方・遊び方は！？（インフルエンザ新薬開発を例に） の後半 で、無料の新薬開発ソフトを使う際、無料の低分子化合物データベースがあると便利だ と言いました。 私が企画する無料ソフトは、末永先生の 無料ソフト Facio の機能を充実させることで作ろうと思っています。 そのために、PDB形式の構造データ がダウンロードできる低分子化合物データベース（無料）があると便利です。 しかし、そういうデータベースが なかなか見つかりません。 その代わりなんですが、内容が濃い 無料低分子化合物データベース を新たに見つけました。 その名も・・・ データベース名やサイトアドレスが知りたい方は、メールファームからメールを送ってください。お知らせ致します♪ データベースは 無料です。約270万の化合物データがあるそうです。薬というより、低分子化合物全般です。 構造式からでも類似構造検索ができます。構造データのダウンロードも出来ます。ただし、pdb形式ではないです。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
東京薬科大の医薬品データベース2006-09-22 Fri 00:16
東京薬科大 土橋先生の 医薬品データベース について、以前 このカテゴリで紹介しました。
これが、そのサイトです。 http://www.pharmis.org/jp/index.htm 以前は、自分のＰＣからは上手く出来ませんした。しかし今やると 上手く検索できます。 上記のサイトで、『 類似構造検索 』をクリックしてください。 次に 『 ASPによる構造検索システム（１） 』をクリックし、『 Query 』をクリックすると以下の画面に行けます。 http://kybele.ps.toyaku.ac.jp/jchem/examples/asp/query.html  ここで、検索したい化合物の構造を書いた後、検索すると、類似構造を持っている医薬品が引っかかります。 やり方は、追って説明します。 人気blogランキングに参加してます。面白かったらクッリクを是非♪ |
薬剤開発ターゲットの紹介について2006-09-11 Mon 23:03
私は、リンクにある タンパク質構造データベース から、薬剤開発ターゲットを探索しています。
慣れない作業で 時間を費やしています。 追加紹介が遅いことをお許しください。 でも 上手く検索するコツが だんだんわかってきました。 現在 抱えている問題は、設計した薬剤の効果を見積もるための 化学計算が行えるソフト についてです。 進展がありましたら ご報告します |
無料の化学構造描画ソフト MDL ISIS/Draw2006-09-06 Wed 21:52
無料の化学構造描画ソフト MDL ISIS/Draw
を紹介します。 カテゴリ ゲームマニュアル：新薬設計のやり方 初級編 では、薬剤を紙面に書く際の、表記法について説明しました。 また、カテゴリ 私が準備・提供するものは・・ では、薬剤設計の際に役立つ 無料の化合物データベース を紹介しています。 そのデータベースでも、同様な図を使っています。 科学者は、独特な図で薬剤の構造を表します。その図を描くことができる無料のPCソフトが、 MDL社の ISIS/Draw です。 ISIS/Draw がダウンロードできるサイトです。 http://www.mdl.com/downloads/downloadable/index.jsp ダウンロードするには、MDL社に自分の情報を登録する必要があります。 もちろん無料です。 下の図で示した「register」をクリックして 情報を入力した後、ISIS draw ダウンロードが出来ます。  |
リンクにある ’ 農薬データベース ’ の使い方2006-08-13 Sun 13:16
リンクに、 農薬データベース を追加しました。
本カテゴリで、すでに紹介しています。 様々な薬を含む化合物データベースが、新薬開発ゲーム にとって重要なことは、 カテゴリ ゲーム画面・内容 で触れています。 この農薬データベースは、使い勝手に慣れる必要がありそうです（勉強します。お待ちください）。 このデータベースは、農薬の化学構造を見る ことができるので、素晴らしいです（薬の名前と効能だけでは、厳しいです）。 ただ、農薬の構造を表示させるには、 無料ソフト ChemDraw Plugin Net のインストールが必要だ と記載されています。 私は、ソフトのダウンロードと、農薬の構造表示を試します。 詳細は、今後 お知らせします。 |
新たな化合物データベースをお知らせします2006-07-13 Thu 15:24
新薬開発ゲームをプレーする際に、化合物データベース（DB）があると便利で楽しいことを すでに述べました。
日本農芸化学会誌を読んでいたところ、無料で便利なDBを新たに見つけました。京都大学化学研究所 五斗先生らが 公開しているDBです。 http://www.genome.ad.jp/Japanese/ 英語版、日本語版があります。 以前に述べた 「新薬開発ゲームで使えるDB」の条件のうち、 �ζ探�化合物を検索できる 以外はカバーしていると思います。 |
新薬開発ゲームで使える化合物データベースの条件2006-07-10 Mon 03:20
本ゲームでプレーヤーが薬剤設計をする際、化合物データベースが要ります
カテゴリ ゲーム画面・内容 で、化合物データベース（DBと略します）の重要性を述べました。 DBを検索した結果、参考にしたい化合物があったならば、プレーヤーはその化合物構造をダウンロードしたいはずです。 なぜなら、 DB検索で引っかかった化合物構造を、プレーヤー自身が手書きで写し取るのは面倒ですし、ミスします。 よって、利用可能なDBの条件は、 �〔砧繊� ��登録化合物が多い �２醜臺�の部分構造を基にして検索できる �じ〆�でヒットした化合物構造をダウンロードできる �ゥ瀬Ε鵐蹇璽匹靴寝醜臺�構造ファイルが、本ゲームで開ける �ζ探�化合物を検索できる だと考えます。今のところ、� 辞イ両魴錣帽腓�DBは、 日本化学物質辞書Web（JST科学技術振興機構） http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html です。 医薬品3D structure DB(東京薬科大学)は、かなり使えそうですが、私のPCでは 化合物部分構造からの検索が上手くできません。よって、使い勝手が確かめられません。 また、農薬DB（http://w-chemdb.nies.go.jp/n_oyaku/n_start.asp） では、化学構造ファイルのダウンロードが できません。 しかし、この程度の小さい分子でしたら、簡単にゲーム中で手書きできます。 手書きできる範囲の化合物 が検索できるDBとしては、試薬屋のOn-lineカタログが便利です。 販売している化合物 で検索できる利点は、とても重要です。 �ζ探�化合物を検索できる これについては、便利な無料サイトを近日中に探して、その使い方や便利性を考察します。この手のDBは、有料 なものがほとんどです。 |
新薬開発ゲーム 「ドラクエ」 をサポートする化合物データベース2006-07-07 Fri 01:56
個人向け無料新薬開発ゲーム ドラクエ は、薬剤開発のためのツールです。薬剤設計を楽しむゲームです。
プレーヤーのサポートを私が行います。 具体的には、 ゲームマニュアル 情報交換の場の提供 薬剤ターゲットの追加 新薬設計に役立つ既存薬品データベース 等を提供します。 ここでは、既存薬品データベース、薬剤ターゲットの情報源を公開します。 既存薬品データベース SIGMA-ALDRICH社の薬品カタログ http://www.sigmaaldrich.com/cgi-bin/hsrun/Suite7/Suite/Suite.hjx;start=Suite.HsSubstructureSearch.run?MenuItemName=SubstructureSearch 東京化成工業社の薬品カタログ http://www.tciamerica.com/cgi-bin/strsearch ↑これらのサイトできること プレーヤーが設計中の化合物の部分構造を具体的に記入して検索すると、 その部分構造を含んでいる化合物が売っているか？ を調べられる。ただし、その企業が扱っている化合物に限る。無料。 NCBI(National Center for Biotechnology Information)の検索サイト http://www.ncbi.nih.gov/ 医薬品３次元構造database(東京薬科大学薬学部第二薬化学教室) http://www.pharmis.org/jp/ ↑部分構造からの検索可 農薬データベース http://w-chemdb.nies.go.jp/n_oyaku/n_start.asp ↑部分構造からの検索可 日本化学物質辞書Web（JST科学技術振興機構） http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html ↑部分構造からの検索可 今後、無料の化合物データベースをもっと探して、紹介します。例えば、 天然に存在する化合物（天然物） 特許化合物（薬を含む） 等に それぞれ特化したデータベース を探します。 薬剤ターゲットの情報源 タンパク質のＸ線結晶構造データベース http://www.rcsb.org/pdb/Welcome.do;jsessionid=O4hPkMdfRTnXDcGC-pSEVg** 私が、このサイトから薬剤ターゲットをピックアップします。 |
