マニュアル 初級編 I-�� 薬の構造変化パターン -22006-08-11 Fri 11:25
薬（化合物）の構造変化には パターン があります。
２つ目のパターンを図で説明します。  本カテゴリの内容は、それなりに難しいと思います。 なぜなら、大学の有機化学講義の内容 そのもの だからです。 焦らず、じっくり読んで下さい。本カテゴリの過去記事も、読み返してください。 この記事で、構造変化のパターン-2 を説明しました。 しかし、説明が まだ不十分です。 図中で、「 6員環の構造変化パターン 」を説明しましたが、その際に、 6員環についていた 多数の-OH基 など を省略（削除）しています。 その方が、説明しやすかったからです。 次の記事で、省略していないヴァージョンで説明します。   |
マニュアル 初級編 I-�� 薬の構造を、PC画面上で変化させてみる2006-08-11 Fri 08:20
本カテゴリの過去記事で、
薬（化合物）の構造変化パターン-1 を紹介しました。 実際に みなさんのPCで、Gb3の構造を変化させてみましょう 本カテゴリの過去記事で、化合物を３次元構造をグラフィック表示できる無料ソフト DS Visualizer 1.6 と、Gb3の構造データ J1_136_941C.mol をダウンロードしました。 DS Visualizer を起動させて、J1_136_941C.mol を開いてください。 下の左図になります。 そして、ダウンロードしたGb3に、水素原子 H を付加 します（図は、左から右の順で見てください）。    次に、Gb3の構造を変化させてみます。  色々な結合を、回転させてみてください。 DS Visualizer の画面に、選択したいアイコンが表示されていない場合は、 カテゴリ 無料の３D分子表示ソフト DS Visualiser の使い方 を見て、Visualizer の画面設定をしてください。 |
マニュアル 初級編 I-�� 化合物の構造変化パターン -12006-08-06 Sun 18:30
薬（化合物）の構造変化には パターン があります。
１つ目のパターンを図で説明します。  |
マニュアル 初級編 I-�� 薬（化合物）は 常に構造変化している ：こいのぼり が空で泳ぐようなイメージ2006-08-05 Sat 23:00
マニュアル 初級編 I-�� では、
薬（化合物）は、常に構造変化している −こいのぼりが空で泳いでいるイメージ− を説明します。 プレーヤーは、新薬開発ゲームで遊びながら、 Gb3に似せた化合物 を設計します。 → カテゴリ ゲーム画面・内容 を参照。 化合物の3次元構造を、新薬開発ゲームの画面（現在は、専用の無料ソフト）で見ることが出来ます。 →無料ソフト DS Visualizer のインストールは、本カテゴリの過去記事を参照。 化合物をPCの画面で表示してしまうと、 化合物が、その構造のまま 体内でプカプカ漂っていそうだ と 勘違い してしまいます。実際は違います。 化合物は、こいのぼりが空で泳いでいる ような感じで 構造変化 しています。 構造が変化するからといって、全く別の化合物になるわけではないです。（こいのぼりは、風を受けて形が変化しますが、どんな形であっても こいのぼり です。） こうした事情があるので、プレーヤーは、新薬を設計した後に 化学計算 具体的には 構造最適化 を行って、設計した化合物の 薬理活性評価 をします。 マニュアル I-�� では、DS Visualizer を使って Gb3 の3次元構造を見ながら、 Gb3の構造変化 について説明します。 構造変化の考え方は、全化合物で共通です。 プレーヤーは、手動で化合物の構造変化させながら、新薬設計を進めて行きます。なので、プレーヤーは、 化合物の どういう構造変化ならOKなのか？ を知る必要があります。この範囲を超えた「構造変化」を駆使して薬を 設計してしまうと、 化学計算による薬理活性評価 の段階で 全く見当違いな結果が出てしまいます。 その設計した化合物に、どれだけ工夫を追加しても 無意味になるでしょう。 |
マニュアル 初級編 I-� ，函�I-�◆，里泙箸�2006-08-05 Sat 14:06
マニュアル 初級編 I-� ，函�I-�◆，瞭睛討鬚泙箸瓩泙后�
立体的な構造を持っている薬（化合物）を紙面に書く際、独特なモデル図を使います。 初級編 I-� ，函�I-�◆，任蓮▲皀妊訖泙瞭匹瀛�を説明しました。 化合物の決まりごと 決まりごと�� 炭素原子 「C」の手は、４本。 水素原子 「H」 の手は１本。 酸素原子 「O」 の手は２本。 決まりごと�� ４つの部品すべてが異なる 場合は、3種類 ある 「手（結合）の表記」 を使い分けて、 化合物の立体構造 を示さなければならない。 化合物をモデル図で表す時のルール ルール�� 化合物をモデル図で表す場合、炭素原子と水素原子の表記は、省略される。 ルール�� 3種類ある 手の表記 のうち、点線くさび型 は、 画面の奥に向かって突き出ている結合を意味する。 太線くさび型 は、画面手前に突き出ている結合を意味する。 実際にやったこと A. Gb3を、化合物データベース KEGG で検索して、Gb3の2次元モデル図を表示させた。 B. 化合物の3次元構造をグラフィック表示する無料ソフト（Accelrys社製） DS Visualizer 1.6 をダウンロードして、PCにインストールした。 C. Gb3の3次元構造データを 日化辞Web からダウンロードして、DS Visualizer で表示させた。 |
マニュアル 初級編 I-�◆〔堯焚醜臺�）の立体構造 その��2006-08-05 Sat 13:22
ここのカテゴリで書いた以前の記事
マニュアル 初級編 I-�◆〔堯焚醜臺�）の立体構造 の中で、まだ説明回答していない疑問が１つありました。記事の図中で最後に載せた疑問です。ここで、その疑問に回答します。 まず これから回答する疑問 を、載せておきます。  下の図で、疑問に答えます。  図の中で、決まりごと�� が登場しました。 決まりごと�� は、本カテゴリの過去記事 マニュアル 初級編 I-� ）瀬皀妊襪琉嫐� に載っています。 |
マニュアル 初級編 I-�◆�DS Visualizer で Gb3 を見る2006-08-03 Thu 13:37
このカテゴリにある 以前の記事で、
Accelrys社の 無料の分子表示ソフト DS Visualizer 1.6 と、日化辞Webで検索した Gb3の構造ファイル J1_136_941C.mol を得ました。 実際に DS Visualizer 1.6 を起動させてGb3を表示させてみます。 起動後、画面左上の 「 File 」 をクリック→ 「 Open 」→ 「 J1_136_941C.mol 」 をやると、Gb3が表示されます。   今後、DS Visualizer 1.6 を使って薬（化合物）を図示しながら、マニュアル初級編 を書くことがあります。 DS Visualizer のマニュアルや、使い勝手を良くする方法を、 カテゴリ Accelrys社 DS Visualizer の使い方 で説明していきます。 |
マニュアル 初級編 I-�◆〔瑤旅渋ぅ如璽燭鯡砧船如璽織戞璽垢�らダウンロードする2006-08-02 Wed 15:39
現在皆さんは、Gb3の３次元構造を、PCで実際に見ようとしています。
ここでは、Gb3の構造データを 科学技術振興機構（JST）が運営している 無料データベース 日化辞Web http://nikkajiweb.jst.go.jp/nikkaji_web/pages/top.html からダウンロードします。 上記のサイトに行ってください。下図でダウンロードの仕方を説明します。左から右の順で見て下さい。     J1_136_941C.mol というファイルがダウンロードできたはずです。 このファイルを、Accelrys社の無料ソフト Discovery Studio Visualizer 1.6 で開けば、Gb3の3次元構造 が見れます。 |
マニュアル 初級編 I-�◆〔瑤鮴賤僖愁侫箸妊哀薀侫�ック表示する2006-08-02 Wed 14:06
現在皆さんは、Gb3の３次元構造を、PCで実際に見ようとしています。
フリーソフトをダウンロードして、Gb3の３次元構造をグラフィック表示させてみましょう。 Accelrys社が、無料のグラフィックソフト Discovery Studio Visualizer 1.6 を公開しています。 ソフトをダウンロードするには、使用目的等を記入する必要があります。e-mailアドレスも要ります。 また、Gb3の構造データもダウンロードする必要があります。 ここでは、無料のグラフィックソフトをダウンロードします。 ↓このサイトに行ってください。 http://www.accelrys.com/products/dstudio/index.html 以下の図に従って、ダウンロードしてください。左から右の順に見て下さい。      最後の画面に たどり着きましたか？ 何かしらの情報が e-mail で届くはずです。 私には以下のメールが届きました。メールに記載してあるアドレスをクリックしてダウンロードしましょう。  具体的には、setupdsv16.exe が落とせるはずです。容量は 25Mb です。ダウンロードした setupdsv16.exe をダブルクリックすると、インストールが始まります。下の図を見てください。   あとは、画面の指示通りやれば、インストール完了です。 DS Visualizer 1.6（このソフトの名前です）の画面は、PS3ソフトとして移植したい Discovery Stuido と酷似しています。 機能としては、化学計算による薬理活性の評価 ができません。  |
マニュアル 初級編 I-�◆〔堯焚醜臺�）の立体構造2006-07-31 Mon 22:45
上の記事 マニュアル 初級編I-�� の最後で、
原子の決まり事�� 炭素原子 「C」 の手は、４本。水素原子 「H」 の手は１本。酸素原子 「O」 の手は２本。 を紹介しました。薬（化合物）は、各種原子から構成されています。 お互いの原子が 「手」 を結び合えば、原子同士が結合していることを意味します。 「手」 には、３種類の表記方法 があります。それぞれ意味が違います。 薬は、実際には ３次元構造 を取っているので、紙面上で薬の構造を正しく表すことができません。 そこで、３種類の 「手」 を駆使して、薬の立体構造をイメージします。 下の図で、「手」 の表記方法と立体構造の関係を説明しています。 ３次元構造の薬を、紙面上で表すには、独特な記号を用います。最初は慣れませんが、専用のグラフィックソフトで具体的に 薬の３Ｄ構造 を見れば、直感的に解ってきます。 上の図で、 薬を紙面上のモデル図で表す時のルール が登場しました。２つ目になります。 1つ目は、本カテゴリの過去記事 マニュアル 初級編 I-� ）瀬皀妊襪琉嫐� にあります。 |
