マニュアル 初級編 I-� ）瀬皀妊襪琉嫐�2006-07-20 Thu 11:16
マニュアル 初級編 I-�� Gb3の本当の構造は何？（すなわち、棒モデルの解釈の仕方は？）
まず、みなさんのPCで、Gb3を表示させましょう。 京都大 五斗先生らの化合物データベースに行きます。 http://www.genome.ad.jp/kegg/ligand.html 下に示した図１の画面に行けましたか？  図１をクリックすると、別画面で図１が表示されると思います。とても見にくいです。別画面中の図をもう一度クリックすると、図の右下に 「通常のサイズに伸ばす」 のアイコンがでますので、そこをクリックすれば、図が拡大されて見やすくなります。 図１で示したところに、「Gb3」 と入力して、右の 「Go」 をクリックして検索を開始します。すると、下の図２になります。  図２を見ると、10個のデータが検索で引っかかったようです。 一番上の 「cpd:C13924 」 をクリックしてください。すると、以下の画面が現れます。  矢印で示したモデル図が Gb3 です。立体的なGb3を紙の上で表現すると、そうなります。 薬剤設計に便利な化合物データベースは、このようなモデル図で構成されています。この図を理解する必要があります。 Gb3のモデル図について、下の図で説明しています。  上の図を熟読すると、最後に２つの疑問が出ています。 疑問 II. 「手」 には３つの表記方法がある。その意味は何か？ の回答は、 マニュアル 初級編 I-�� で示します。 疑問 I. 左の「C」 に、なぜ「２個のH」 を付けたのか？ の回答ですが、上図では不十分ですので 補足説明します。 上図で、 炭素原子「C」 の手は４本、水素原子「H」 の手は１本 であることを述べました。このルールに従うと、疑問 I への回答は以下となります。 もし１個の H のみを C に付けてしまうと、 C の手が３本 になってしまう → これは C の「手の数」についてルール違反。だから２個の H を C に付けて、C の手を４本 にする。 薬剤（化合物）をモデルで表す場合のルールとして、 炭素原子 C に付いている水素原子 H は省略されます を紹介しました。 しかし、１つの水素原子しか付けることができない とは言っていません。 各原子が持っている「手の数」にルール違反が無いように H を付ければいいです。   |
新薬設計のやり方（初級編）を公開2006-07-18 Tue 18:14
個人向け無料 新薬開発ゲームで 新薬開発が本当にできることを
ベロ毒素に対する薬の設計 で具体的に説明しました。 →カテゴリ ゲーム画面・内容 を参照。 その記事の復習をします。 ベロ毒素のBユニットに はまり込む Gb3という化合物に対して、プレーヤー（私）は 「pseudo-Gb3」 という 「Gb3に似せた人工化合物」 を設計しました。 少なくともGb3とpseudo-Gb3が パッと見で似ていることは、納得して頂けると思います。 →過去記事 [2006/06/28 02:42] 中の図を参照。 どうか その記事を熟読してください。 プレーヤーは、パッと見で似せた後、似せた化合物の薬理効果を化学計算で評価します。 しかし、 どうやってpseudo-Gb3を思い付いたのか？ について説明していませんでした。 私は過去記事中で、Gb3やpseudo-Gb3を 棒モデル で表現していたので、みなさんは Gb3やpseudo-Gb3の本当の形すら知らないはずです。 ここのカテゴリでは、 「どうやってpseudo-Gb3を思い付いたのか？」を理解するための基礎知識 を公開します。以下の順番で説明します。 Ｉ. まず、Gb3の形を詳細に理解する。その方法論は、全化合物で共通 ��Gb3の本当の構造は何？（すなわち、棒モデルの解釈の仕方は？） ��Gb3の構造は、実際には三次元。無料PCソフト（ネットから落とす）を使ってGb3の構造を観察しよう。（ゲームが開発されていれば、ゲーム中で見れる） ��Gb3に限らず、全ての化合物は 常に構造変化している （こいのぼり が空で泳ぐようなイメージ） II. Gb3に似ている化合物「pseudo-Gb3」の設計方法 ��-OH基（ヒドロキシ基と読む）は、-SH基（チオール基）-NH2基（アミノ基）と似ている。 �▲轡�ロヘキサン環（Gb3では、オキサン環）は、ベンゼン環と似ている。 ご期待ください♪ |
