エスカレーター事故 殺到しすぎなだけ2008-08-09 Sat 09:06
東京・有明 イベント会場で エスカレーター事故ありましたね。
http://mainichi.jp/select/jiken/news/20080807ddm041040031000c.html 東京ビッグサイト（東京都江東区有明）の上りエスカレーターが逆走し、１０人が軽傷を負った事故で、イベントの運営会社などが６日、毎日新聞の取材に応じ、エスカレーターの重量制限について「東京ビッグサイト側から事前説明はなかった」と明かした。 いい年こいた 大人が、山盛りで 一斉にエスカレーターに乗れば、普通 壊れるでしょ。 エスカレーターに限らず 何でも壊れますよ。 あれだけ 殺到すれば。 １つの段に５人くらい乗ってたやん。あふれてた。 非常識の極みですね。 群集心理ってホントに怖いですね。 まるで 中国の無法な渋滞や 割り込みＯＫ みたいな 風景でした。 常識ゼロ なんでも ありな 集団に見えました。 管理会社 イベント責任者に同情します。 http://mainichi.jp/select/jiken/news/20080807ddm041040031000c.html しかし、委託業者は「エスカレーター上で混乱した様子はなく（３〜４人が乗っていたという）事実はなかったと認識している」と強調。 その上で、ビッグサイトから重量制限の事前説明はなく、「把握していなかった」と説明した。 一方、東京ビッグサイトは毎日新聞の取材に「具体的な人数制限の指示はしていないが、多くが乗らないよう常識の範囲内でやるようにお願いしていた」と話した。   |
北京オリンピック 行く方へ。しっかり情報収集してね2008-08-03 Sun 21:12
北京オリンピック 行く方は 情報収集してから 是非行ってください。
・トイレ事情 ・交通事情 ・医療事情、感染症 ・水、ペットボトルの水 ・ぼったくりの例 ・ホテルでのトラブル例 ・チケット詐欺の例 ・中国一般の常識 ・シックハウス症候群の例（新築施設全般） ・試合中の観客マナー ・マナー向上のための啓発。その内容の すさまじさ 北京オリンピックは、ＴＶで見るのが一番いいと思いました。 僕が 暇つぶしに買った本では、すごいことが書いてあります。 とくに、 トイレ。。２人でいってください。 入院はしないで、這ってでも 帰国してから病院へ。 は、知っといた方が 良いと思います。 ＮＨＫで放送された 激流中国 は、中国で ネット検索規制 かかってます 笑 |
ウイルス体内増殖、ショウジョウバエのゲノム解析 インフルエンザ2008-08-02 Sat 04:00
＜インフルエンザ＞ウイルス体内増殖の構造解明
7月28日2時0分配信 毎日新聞 インフルエンザウイルスが人の体内で増殖するのに中心的な役割を果たすたんぱく質の 立体構造を、朴三用（ぱくさんよう）・横浜市立大准教授（生体超分子科学）らが明らかにし、 ２７日付の英科学誌ネイチャー電子版に発表した。 増殖は、特定のたんぱく質同士が結びつくことで始まる。 増殖たんぱく質とぴったり結合する物質を合成すれば増殖を止めることが可能となるため、 新薬開発につながる成果として注目される。 インフルエンザウイルスが増殖する際、３種類のたんぱく質が結合することが知られているが、 結合時の立体構造は不明だった。 研究チームは、３種類のうち２種類のたんぱく質の結合体を作り、 塩や砂糖のように結晶化させた。 エックス線で調べると、トンネルの穴に針が刺さったような立体構造をしていることを突き止めた。 また、２種類のたんぱく質の結合にかかわるアミノ酸の働きを悪くすると、 通常に比べて増殖するウイルスの数は４０％以下に低下した。 一方、３種類のたんぱく質の構造は、 １９１８年に発生したスペイン風邪以降変わらず、 大半のインフルエンザウイルスの増殖に不可欠であることも、別の解析で判明した。 【関東晋慈】 新型インフルエンザ：ウイルス増殖に必要なたんぱく質、東大チームが特定 世界的な大流行（パンデミック）が懸念される新型インフルエンザウイルスなどの増殖に必要なヒトのたんぱく質を、 東京大医科学研究所の河岡義裕教授（ウイルス学）の研究チームが世界で初めて特定し、 １０日付の英科学誌ネイチャーに発表した。 研究チームは、ヒトの遺伝子と共通点の多いショウジョウバエのゲノム（全遺伝情報）を分析。 ハエの持つ遺伝子の９割に当たる１万３０７１個が作るたんぱく質から、 インフルエンザウイルスと反応する１１０種類を見つけた。 このうち、ヒトが感染している強毒性鳥インフルエンザ（Ｈ５Ｎ１型）と、Ａソ連型（Ｈ１Ｎ１型）のウイルスの増殖を助け、ヒトに共通する３種類のたんぱく質を突き止めた。 【関東晋慈】 毎日新聞 2008年7月10日 東京朝刊 |
インフルエンザＨＡの抗原決定領域2008-08-02 Sat 03:46
インフルエンザＨＡの抗原決定領域に関する アミノ酸残基の変異
特にＨ３の話 中島先生（名古屋市立大 医学部） http://www.jstage.jst.go.jp/article/jsv/56/1/56_91/_article/-char/ja ・成人はすべての領域に対して抗体を産生しているが，幼児 においては限られた領域（B1 領域にたいする抗体）にしか 抗体をつくれない。 抗原変異の話 本郷先生（山形大 医学部） http://wwwsoc.nii.ac.jp/jsb/topics/influenza/influenza.html ・不連続変異（大変異，抗原シフトantigenic shift） ・連続変異（小変異，抗原ドリフトantigenic drift） アイテム集合間の相関変化検出によるインフルエンザウイルス遺伝子データの解析 谷口先生ら（北大院・情報科学研究科、北大・人獣共通感染症リサーチセンター） ・抗原決定領域Ａ−Ｅが 図示されていて、理解しやすい。 ・系統樹と 数理モデルで 変異について調べた |
インフルエンザＨＡ１タンパク質のアミノ酸配列解析2008-08-01 Fri 05:04
インフルエンザＨＡ１タンパク質のアミノ酸配列解析
インフルエンザの片道切符(One-Way Ticket for Influenza) The Global Circulation of Seasonal Influenza A (H3N2) Viruses p. 340-346. Science April 18, 2008, Vol.320 過去5年間のインフルエンザの大流行は東アジアや東南アジアで、 おそらくは土着性というより時間的にオーバーラップして発生した流行から、 生まれたウイルスが原因であろうと思われる。 Russell たち(p. 340)は、13000株のインフルエンザウイルスから、 赤血球凝集素(hemagglutinin)のHA1領域を解析し、循環している株の家系を調べた。 人の移動と通商による接触によって、アジアから6〜9ヶ月かかってヨーロッパや北アメリカに到着する という、 インフルエンザの世界的なウイルス分散の一方向の旅を説明できる。 数ヵ月後にこれらのウイルス株は南アメリカに到達し、そこが彼らにとっての進化の墓場となる。(Ej,hE,nk) ↑HA1領域のアミノ酸配列データを比較解析しているのでしたら、 以下の論文で指摘する誤差が生じるのでしょうか？ 同じウイルスの中だから、カバーしている時間の範囲が狭いから 問題ないのかな？ 論文をしっかり読まないと ダメそうです。。 ↓ 系統発生の誤り訂正（Phylogenetic Error Correction） Phylogeny-Aware Gap Placement Prevents Errors in Sequence Alignment and Evolutionary Analysis p. 1632-1635. 分子配列アライメント方法は、進化の関連を解析するための鍵となる手段である。 しかしながら、LoeytynojaとGoldman(p. 1632)は、現行の方法では系統誤差が生じること、 例えば、比較ゲノム解析において進化の推論の結果にかたよりが生じることを示している。 これらの誤差はより多くの配列データをサンプリング（標本化）しても訂正されない-- 実際に、この誤差はサンプリングが多くなると益々増える。 系統発生と配列の進化の研究において、マルチプルアライメント（多重アライメント）を行うことで、 これらの系統誤差を避けることができる。(hk,KU) |
別冊 医学の歩み ウイルス感染症（本）2008-08-01 Fri 04:06
日本語の本です
別冊 医学の歩み ウイルス感染症（本） インフルエンザの話が、巻頭 にあります。 ボクが 新たに知ったことを中心に要約します 鳥インフルエンザ発生の世界的現状 谷口清洲（国立感染症研究所 感染症情報センター） P5-10 p7 公表に基づく ヒトでのH5N1感染例 2006年6月時点のデータが記載されてます。 p7-8 ・潜伏期間 2-8日、WHOは7日を勧奨している ・初期症状 高熱、倦怠感など 普通のインフルエンザ様症状。引き続き、早期に、下気道悪化、肺炎 ・致死率（タイ） 15歳以下で８９％、15歳以上で４０％ P8-9 感染経路 ・H5N1ウイルスは、鳥糞中 低温（４℃）で少なくとも35日間は生存可能 ・ヒト―ヒト感染も、少ないが ある Ungchusak, K et al. Probable person-person transmission of avian influenza A(H5N1). N. Engl. J. Med. 352, 333-340, 2005. 鳥インフルエンザウイルス ヒトへの感染の分子機構 p11-15 畠山修司（東大医学部付属病院 感染制御部） ・少なからずヒト―ヒト感染する Bulter, D. Nature 441, 554-555, 2006 （ニュース記事）, Bulter, D. Nature 442, 114-115, 2006 （ニュース記事） ・ヒトの上気道線毛細胞に、若干ながら トリH5N1ウイルスが結合するNeu5Acα(2-3)Gal受容体が存在する Matrosovich, MN et al. Proc. Natl.Acad. Sci. USA. 101, 4620-4624, 2004 ・気道の奥、肺胞にNeu5Ac(2-3)Gal受容体がある ・H5N1は、ヒトの上気道症状よりも 肺炎、肺障害を引き起こす Beigel JH et al. N. Engl. J. Med.353, 1374-1385, 2005 新型インフルエンザ対策 菅谷憲夫（神奈川県警友会けいゆう病院） ・スペイン風邪（H1N1）は、第１波（1918年11月）と第２派（1920年１−３月）に わかれて来た。 この当時は、各波で、莫大数のヒトが亡くなった ・第１波が来た時の対策→感染拡大を防ぐのは無理。入院者および死亡者を減らすことに専念すべき ・第２波が来る前に、第１波のウイルスを分離して、ワクチンを作れ。それを接種しとけ。 スペイン風邪では 第２波で重篤な例が多い。 ・タミフルの備蓄目標量 フランス、オランダ、ノルウェー、ニュージーランドなど 人口の５０％ イギリス 人口の25％（2006年末までに）  |
Amberパラメーターの書式2008-07-30 Wed 00:48
Amberパラメーターの書式は、マニュアルに書いてありました。
（当たり前ですがｗ Amberパッケージで読み込む amberff99パラメーター と、 Tinkerで読み込む amber99パラメーターは、 データは 同じなはずです。（同じでした。僕が見た限りではｗ） 書式のみが違います。 Amberパッケージに収められている パラメーターファイルの 書式説明があるページです。実際のファイルを見ながら読むと わかったり わらんかったりｗｗ ↓ http://amber.scripps.edu/formats.html#topology AMBER file formats 目次 Parameter/topology file specification (prmtop) Standard prmtop information Box information for periodic boundary conditions PARM cap information Perturbation information Polarization information Coordinate/restart file specification (inpcrd, restrt) Trajectory (velocity or coordinate) file specification (mdcrd, mdvel) Binary (NetCDF) trajectory (velocity or coordinate) file specification (mdcrd, mdvel) Force field parameter files' specification Main parameter set (parm*.dat) ←パラメーターファイルの書式説明有り。 Parameter modification file (frcmod) Prep input files, useful for understanding the topology database files, and Antechamber output files. |
pdbファイルをAmberで読む。Tinkerで読むこと2008-07-27 Sun 02:57
pdbファイルには、残基名や原子名が ラベルで表記されてます。
Amberパッケージは 有名な化学計算ソフトですね。 Ｈｉｓ残基の構造と、ラベルに注意してください。 Ｈ原子が付いている場所で、３種類のHisがありますから。 Cys基は、S-S結合している してない でラベルが違いますね。 Ｎ末端 Ｃ末端は、 N-Me基 Acetyl基でCapするのは いかがでしょう？ それなら、パラメーターがすでにありますので 便利でした。 ラベルを間違えると、エラーメッセージがでます。 Amberパッケージが買えなくても、無料のAmberToolsを使えば、 Amberで計算するための構造（水和構造、イオンを置いて中性化した構造）が作れます。 prmtopファイルなども AmberToolsで作れます。、 ボクは、AmberToolsで作った構造を TinkerでＭＭ計算したり、その後 さらに計算したり します。 Amberパッケージ用の原子ラベルと Tinkerプログラムで読み込める原子ラベルは、若干違います。 Tinkerに収められている パラメーターファイルのラベル方式に 書き換えれば、読み込めます。  |
ソフトが動かせない笑2008-07-27 Sun 02:44
ここ２-３年は、計算化学の手法・理論・ソフトの使い方 をやれる環境になりました。
３月まで実験をやっていたので、○○が予測できたらよいな と よく思います。 しかし、それを本格的に計算科学でやりだすと、手に負えないくらいの 知識・技・コツ が必要でした。 自分がやったことを 公開できる範囲で 載せます。 参考サイトや文献・本 なども 載せます。 理解できてないことも載せます。 みなさん 教えてｗｗ （ボクは 素人ですから。。） |
エクレストン＆モズレーは、搾取の大王 悪魔2008-05-15 Thu 03:37
12番目のチームを ついさっきまで 募集し、カスタマーカー ＯＫと 徹底的にウワサ・前情報を 広めておきながら、、、
そんなの 全部 うっそよーん♪ とりあえず だまして参戦させたかったんだよ、そして破産してくれ。 そもそも Ｆ１興行での儲けを チームにやりたくないんだよ！！ 全部俺らのもの！ イヤならＦ１やるな。 スパアグリの予算より Ｆ１開いている俺らの個人収入の方が多いんだよん♪ （ファンのみなさん 知ってましたか笑） 逆に 俺らに感謝しろ！ お前らを参戦させてあげたんだよ！ だから お礼が足りない！ もっともっと 貢げ！ 血の一滴まで ささげろ 日本人！ どんどん参戦して どんどん さっさと消えてくれ。新興チームよ。小規模チームよ♪ インド 中国 待ってるぞー♪ 最近経済発展した国から これからも 騙して どんどん搾取しよう。 金を巻き上げよう。 Ｆ１は 我々の私物なんだよ！ それは 我々が買ったから！ だから すべて 私たちのもの！ アグリ？ そんなもの知るか！ ファン？日本人？ それは 我々が最も嫌っているものです。 Ｆ１は 西洋人チームとバーニーが儲けるための サロン なんだよ！ 階級にふさわしいチームと我々が儲けることが目的です。 正直いって バーニーとモズレーは はやく 消えて欲しいです。 多数のヒトを不幸にし過ぎているからです。 まるで 悪魔です。 Ｆ１の興行収入の9割は 参戦チームに分配すべきです。  |
